捻军5万余人转战于皖、豫、苏地区，歼灭清军和地主武装，使队伍迅速发展至十余万人。但由于组织松散，武器简陋，缺乏训练，因而参战清军由少变多，捻军由进攻转为防御后，只有张乐行等少数几支主力于正面阻击清军，余多守寨自保，致使雉河集根据地被清军攻占。1857年春，张乐行率捻军渡淮南下，与北上的太平军陈玉成、李秀成部会师，接受太平天国领导，与太平军联合作战(参见太平天国运动)，在淮河两岸抗击清军围攻，并一度攻入湖北。1858年，捻军主力回到淮北，一面以圩寨战抗击清军进攻，一面以快速的流动作战方式出击豫、鲁、苏，歼灭大量清军，并与太平军配合进行了多次重要作战。1860年冬，清廷调科尔沁亲王僧格林沁全权督办攻捻战事。捻军虽数次击败僧军进剿，但因实行消极防御方针，致使雉河集大营于1863年再次失陷，张乐行殉难，皖北根据地丧失。突围而出的张宗禹等部，继续以流动作战方式，坚持斗争。1864年夏，太平天国都城天京(今南京)失陷(参见天京之战)，捻军与太平军余部在鄂、豫边界会师，改编组成新捻军，以复兴太平天国为目标，推赖文光为首领，运用新的游动战术，并逐渐易步为骑，使捻军变为一支约十余万人的骑兵武装。1865年5月，于山东菏泽高楼寨取得全歼僧格林沁马队7000余人的重大胜利，阵毙僧格林沁(参见高楼寨之战)。旋击败湘军和淮军，粉碎钦差大臣曾国藩“以静制动”和“聚兵防河”的攻捻方略。次年秋，捻军在河南许州(今许昌)分为东、西两部。赖文光率东捻军留守中原地区，与清军周旋。西捻军由张宗禹率领西进陕西，与陕甘回民军相互配合，取得灞桥伏击战(参见灞桥之战)、进军陕北等作战的胜利，后闻东捻军被围，转兵东进救援，经山西、河南、进入直隶，于饶阳(今属河北)之战失利后，继续转战于山东、河北地区。但东捻军转战于河南、湖北、山东地区，遭李鸿章淮军围追堵截，日趋被动。1868年1月，终败灭于江苏扬州地