禅定寺寺主为僧纲，是明、清政府敕封世袭的，虽不是-，但位居禅定寺之首。寺内有策墨林摄政王、伊犁呼图克图、玛塘堪布、古雅佛、德哇、嘉当、察道、嘎钦等八大-的囊钦。
到杨汝松任土司时，刊刻了举世闻名的卓尼版《大藏经》耗银17325两，禅定寺因之名冠藏区，成为卓尼政治、经济、文化中心，在寺僧众达3100余人。公元1927年三马(马仲英、马廷贤、马尕西顺)反冯起事，使辉煌的禅定寺及其珍贵文物，特别是《大藏经》印版化为灰烬。寺院从此衰落。以后虽经第十九代土司兼僧纲杨积庆重建，但入寺僧人总不及前，仅400余人。1958年反封建斗争时，大部僧人被强令离寺。“文革”期间拆毁，寺址开为水平梯田。党的十一届二中全会后，在党的民族宗教政策的光照下，于1980年重建，1981年11月10日批准开放，政府拨巨款在旧址上陆续按原来的藏族寺院建筑风格，恢复修建了三大学院、四大囊钦、五幢佛殿，加上寺门楼和僧舍共80多幢建筑群，现有160多僧人。中国佛教协会会长、书法大师赵朴初先生为寺门书额“禅定寺”三字砖雕于寺门顶端引人瞩目。现在每天虔诚信徒和慕名游客络绎不绝，成为卓尼县有名的旅游景点。
寺内原设有参尼、居巴、萨里瓦、谦巴四大札仓。参尼札仓由阿旺臣来嘉措创立于清康熙五十三年(公元1714年)，居巴札仓由阿旺臣来嘉措创立于清雍正七年(公元1724年)。萨里瓦札仓由阿旺克尊加措创立于清乾隆四十二年(公元1777年)。谦巴札仓由僧纲罗桑丹欠坚参创立于清乾隆十年(公元1745年)。
禅定寺最高负责人为僧纲，总揽全寺宗教教育、行政、司法等项事务。僧纲为世袭。僧纲之下设三套组织，一是戴哇雄，简称“戴”(即僧官衙门)。下设大小头目，大头目主管本寺部分行政事务，代表寺主办理属寺事务。大头目下设班头2人，负责监察全寺僧人持戒情事，班吏5-10人，负责各和递送通知，传人等杂务。二是坐庄-办事处，简称“喇”，即通称的赤哇，管理全寺宗教、法事活动。三是尚署组织是吉哇办公处(卓尼方言读吉为“西”)简称“西”，是办理本寺各学院事务的行政机构。设大管僧1人，负责判理案件和维持寺院秩序。下设17米那(按僧人籍贯把禅定寺辖境分为17个教区，米那为该教区代表)负责本教区各项事宜。尚署下还设吉哇(总务处)，包括总务人员、会议人员等。