巴县的历史久远，据2012年7月《重庆商报》报道，重庆考古专家们在原巴县，现九龙坡区滩子口发掘古人类遗址时，发掘到了古人类在巴县活动的遗迹，获得了一批古人类使用的打磨石器，经科学测定，证明这些石器，是一百万年前人类使用的工具，这就将巴县有人类活动的历史上推到了史前百万年前了。这在中国大城市历史上，是独一无二的。因此，我们可以说，巴县是最早有人类活动的地方，这将会改写巴县的历史。但历史上记载巴县的典籍不多，有的记载多舛误。
大禹在巴县治水的故事，一直流传很广。相传大禹刚同重庆南岸的真武山下的涂山女结婚不到三天，就去治理洪水了。十年间，他从家门前路过三次，很想进屋去看看涂山女，可他一想到洪水还没治理好，就硬起心肠走了。大禹好不容易才把洪水引到唐家沱外的燕尾山地界，这时神兽穿山甲和夔龙都弄得筋疲力尽了。眼看洪水波浪滔天，整个重庆立刻就要变成汪洋大海，大禹只好上天去找玉皇大帝。玉皇派太白金星去找沉香，借来开山神斧交给大禹。大禹得到开山神斧，急忙返回燕尾山，挥起开山神斧不停地劈，又靠穿山甲钻，夔龙引水开道，搞了整整三年，才把燕尾劈开了一条缺口，洪水通过缺口，滚滚向东流去。但是，历史上许多记载，都对大禹在巴县治理过洪水的事，存在疑问，更多的认为它只是传说。
据王尔鉴《巴县志》名人录记载，到了元代，重庆出了一个文人，他叫贾元。贾元以文章名世。约活动在元成宗大德元年公元(1297)至元泰定五年(公元1328)，博学多才，当时凡使蜀还京者，士大夫相访，必首问得贾先生文章否?可见贾元的名气很大。贾元为人所敬慕，不入仕宦，清贫高雅，终于布衣。贾元写的文章《涂山禹庙碑记》，就为大禹在巴县治理过长江洪水作了考证，并确定了大禹确实在涂山居住过。
元顺帝至正十二年(公元1352)，费著任重庆路总管时，决定重修涂山禹庙，涂山禹庙重修后，费著请贾元为之作碑记。于是，贾元写了《涂山禹庙碑记》。贾元在文中大量引用《东汉郡志》、《巴郡志》、《水经注》、《汉史》、《蜀志》、《帝王本纪》、《蜀本纪》、《华阳国志》、《元和志》等书，证明“禹乃汶山郡广柔人。其母有莘氏感星之异，生禹予石纽广柔。隋改广柔为汶山，石纽在茂州（这里的汶山、茂州，即现在的四川汶川、茂县）……禹为蜀人，生于蜀娶于蜀，古今人情，不大相远。”再引《通鉴外纪》云：“禹娶涂山之女生子启，南巡狩会诸侯于涂山(这里指九江当涂)。如是则娶而生子，生子而后南巡，南巡而后会诸侯。娶则在此，会则在彼，次序昭然。会稽（今杭州一带）乃至群臣之地，或崩葬之所，故日禹穴。”从而驳夏禹庙、涂后祠在九江当涂、会稽之说。最后，又理正言直地指出：“世次绵远，地名改易烦乱，附会不足证。况会稽、当涂，在禹时未人中国，禹安得娶于彼哉?今特辩而证之。”作者先提出禹娶涂山氏于九江当涂之说，然后引用史料，逐层批驳，从而确立巴郡涂山为禹娶涂山氏之所。考证精详，论证层次清楚，论据充分，颇具说服力。
贾元又是书法家，书学苏(轼)体，温雅有法，名盛一时。涪陵北岩"观澜阁"匾额和《涪陵文庙御碑亭记》是其遗墨，笔法苍古，韶秀俊逸。