建校以来，萱花中学坚持教育创新，打造了著名的萱中教育品牌。
    丰富、完善、发展着的关注课堂：实现课堂教学最优化的“五五”校本教学思想，在“五关系”指导下的“五步式”教学，有效地减轻了学生学习负担，课堂教学效益大增，全面提高了学校整体教学质量。
开拓创新的德育工作：学校以“走进心灵，弘扬传统”的心理健康教育和中华传统美德教育为主线，坚持“全员、全程、全方位”育人。健全的德育机制，多彩的德育活动，凸显萱中“以德立校”的根本。充满新奇与憧憬的国庆晚会，战胜自我的春天大拉练，放飞梦想的参观大学活动，激情四射的五四篝火晚会，规模宏大的校运会，新生军训，音乐之声等常规活动精彩纷呈；学生电视台、文学社、合唱团、辩论协会、篮球队、足球协会的活动能为渴望全面发展的你提供广阔的大舞台！成长咨询室、心理健康教育是青春时代的你最知心的朋友；学校还开永川教育之先河，创立了永川第一所少年交警校，警民共建育人新天地。鉴于此，《重庆日报》专版宣传介绍了萱花中学的德育，使得萱中这支素质教育之花芬芳了全重庆！
    分层育人的培训方式：萱中坚持以人为本，运用先进的教学理念，因材施教，分层教学。设立了文理科尖子班，对特优生实行“导师制”，为其冲刺名牌重点大学提供“助推器”。对中等生实行“学科强化制”，对学困生更是精心扶助。萱中为每位学生搭建起成功的平台，让每位学生都能创造出生命的精彩！
完善健全的奖学助学机制：萱花中学坚持奖励优生与资助贫困生并重的制度，仅04-05学年度，萱花中学奖励资助的各类优生、贫困生近800人，金额高达二十多万元！奥林匹克竞赛奖，学习成绩优秀奖，“金太阳”特长单项奖，新生入学奖等，帮助你去冲击更高的目标；萱花中学专设有的 “爱心”助学基金帮助生活困难学生，同时还积极联系社会热心人，一对一资助品学兼优的贫困学生，一系列的爱心活动，为贫困生撑起一片无雨的天空！
    艺体教育锦上添花：萱花中学在体育组的老师共同努力下，成为“重庆市篮球传统项目学校”、“重庆市国际象棋传统项目学校”，“重庆市田径传统项目学校”，女子篮球队连续三年获重庆市第一名；在方伯君老师的精心指导下，萱花中学学生的美术作品年年获得国际、全国以及重庆市级大奖，萱花中学的音乐教育成绩优秀，屡获永川市第一名。 优异的艺术教育成果使萱花中学被中国教育协会授予“全国艺术教育特色学校”的荣誉称号。
    领先的信息技术：学校作为重庆市现代信息技术教育先锋，坚持以信息化推进学校现代化，构建了功能强大、资源丰富、快速高效的“数字校园”。萱中最早在永川市建立了千兆校园网，最早实现“班班通”“室室通”“家家通”，达到国家中学信息化技术标准，成为“重庆市信息技术示范校”，实现了优质教育资源的共享，彰显“现代信息技术服务教育教学”的品牌特色。