早年就读于西安音乐学院，师从著名指挥家夏飞云，著名作曲家何占豪、胡登跳等教授，获学士学位。刚毕业，即被中国中央民族乐团聘为乐队首席指挥。1987年，在"首届中国艺术节"上成功地指挥了一千人的乐队演奏《长城颂》，同年被国家授予一级指挥。1993年9月受聘担任新加坡风格公司古典音乐制作部音乐总监。1995年至1997年出任台湾高雄市实验国乐团驻团客席指挥;1997年出任香港中乐团音乐总监。现任中国民族管弦乐学会常任理事等职。

阎惠昌是香港中乐团艺术总监兼首席指挥，中国国家一级指挥，曾先后指挥北京、上海、台湾、新加坡及香港等地所有专业中乐团，并指挥中国中央交响乐团，与赵季平等合作录制张艺谋、滕文骥的《大红灯笼高高挂》、《黄河谣》、《五个女子和一根绳子》等电影配乐，荣获中国及国际知名电影节大奖。2008年1月，阎惠昌率领香港中乐团于国家大剧院的开幕国际演出季中演出，获得空前成功。

活跃于指挥舞台上的阎惠昌积极从事音乐创作，获奖无数，代表作品中，交响音画《水之声》获上海音乐学院作曲大赛一等奖、第三届全国音乐作品比赛二等奖，琵琶独奏<思乡曲>获全国首届琵琶比赛征稿一等奖。在阎惠昌指挥下，香港中乐团已先后录制十多张影音产品，包括世界首张大型中乐团SACD现场录音的《明月星辉 ——香港中乐团银禧音乐会》。

2001年9月，阎惠昌获新加坡政府颁发的“2001年文化奖”，其成就同时列入《中国当代艺术界名人录》。他曾任2000年香港学术评审局评审委员、香港艺术发展局“资助计划”评审委员及艺术顾问。2004年起应聘担任多间音乐院校客席教授。同年，阎氏获香港特别行政区行政长官颁授的铜紫荆星章，以表扬他于推广中乐方面贡献良多。2007年获选为中国人民政治协商会议第十届青海省委员会委员。