目前全院有各类专业人员170余人，其中具有中高级职称的占50%以上，设有考古研究所、民族民俗研究所、古代艺术研究所、文物保护技术研究所、古建筑研究所、陈列展览部、保管部、文物征集部、图书馆、办公室、保卫部、服务部等职能部门，还设有《东南文化》杂志社，出版发行<南京博物院集刊>和<东南文化>两种杂志，具有配置成套的组织机构和一支政治素质和业务水平较高的专业队伍。正在组织实施《南京博物院“九五”规划和2010年远景发展设想》。

1933年中央博物院建院之初，就明确提出了这样的建院宗旨："为提倡科学研究，辅助公众教育，以适当之陈列展览，图智识之增进。"在蔡元培、傅斯年、李济等诸位先贤和新中国成立后曾昭橘等人的带领下，南京博物院在收藏、陈列、考古发掘、科研、出版等方面，都取得了令人瞩目的成绩。自30年代中期起，中央博物院或独立，或与中央研究院合作，对四川、云南苍洱、贵州、云南丽江、甘肃敦煌、新疆等地的民族、民俗、占迹、民间艺术、手工业等，作调查、发掘和研究，并对四川彭山汉墓作科学发掘，收集整理了一大批实物，编印出版了《云南苍洱境考古报告》、 <中华民间工艺图说> 、 <远东石器浅说>等著作。 该馆现藏各类文物标本和历代艺术品41万余件，其中国宝级文物10件，国家一级文物1000余件，青铜、书画、陶瓷、家具、文献、丝织品等类别一应俱全。南京博物院
1933年，由中国近代民主革命家、教育家，时任国立中央研究院院长的蔡元培倡议创建的国主中央博物院筹备处落成。蔡元培亲自兼任第一届理事会理事长，在中山门半山园征地12.9公顷，原拟建“人文”、“工艺”、“自然”三大馆，后因时局关系，仅建“人文馆”，即南京博物院大殿。该建筑为仿辽代宫殿式，由民国著名建筑师徐敬直设计，经建筑大师梁思成修改，1936年6月开始兴建，1947年告竣，为博物院主楼。整个大殿雄伟壮观，是近代建筑史上的杰作，其结构部分按《营造法式》设计建造，某些细部和装饰兼采唐宋遗风。

1948年，国民政府将国立北平故宫博物院、南京国立中央图书馆、中央研究院历史语言研究所和国立中央博物院的文物精品运至台湾。

1949年，中央研究院历史语言研究所脱离负责筹运的“联合办事处”，其余四个机关合组中央文物联合保管处（同年改为国立中央博物图书院馆联合管理处）。

建国初期 折叠

1950年初，中央博物院南京部分改名为南京博物院，性质仍是全国综合性历史艺术博物馆，由文化部文物事业管理局领导，经费由中央拨款，任务由文化部直接布置，如南唐二陵发掘，六朝陵墓调查等。人民政府又拨款对博物院的建筑作整修、增建，至此，博物院的第一期建筑工程算最后完成。

1950年7月，改由华东文化部领导，属华东大区博物馆，包括东南地区五省一市（江苏、安徽、浙江、福建、台湾、上海），还建立华东文物工作队，队部设在南京博物院，这期间发掘了山东沂南汉画像墓、安徽寿县春秋时代蔡侯墓、浙江杭州老和山新石器时代遗址、福建闽侯昙石山新石器时代遗址，还奉命派人到郑州协助发掘商代遗址。

1954年9月华东大区撤消后，南京博物院改由江苏省政府文化局领导，属全国综合性历史艺术博物馆，是全国重点博物馆之一。