救亡之期
    抗战八年离乱，校址几度变迁。在这期间，东中县境内曾经有过三所中学,这就是国民党政权在堤西各地续办的“东台县立初级中学”，抗日民主政权在堤东鲁灶创办的“苏中二（四）分区联合中学”，日伪政权在台城旗杆巷内办的初中。
    1938年3月，日军第一次入侵东台，烧毁东中王家舍校舍。同年7月，东中师生乘日军南撤，迁回魁星楼旧址复课。次年，东中迁至安丰；后迁至堤西南朱庄、赵家庄（原属本县时堰区，今属兴化戴南区）；再迁至溱潼、湖北口、开庄等地。1943年后，在堤西办学的东中处境日艰，难以开展正规中学教育，改为“东亭补习学社”。1943年9月，苏中抗日民主政权为坚持敌后办学，将栟茶中学（栟茶原属东台县）迁至东台许河鲁灶。1944年春，又与转移到鲁灶办学的如皋中学、邱升中学、南通中学、紫石中学合并，成立“苏中二分区联合中学”（简称“二联中”）。1944年11月重新划区，改称“苏中四分区联合中学”（简称“四联中”）。
    1945年9月抗战胜利后，“四联中”解散，师生分别回各县复校，“四联中”的部分东台籍师生则返回东台县城。当时东台县抗日民主政府已没收汪伪时的初中校舍，师生们就在台城旗杆巷恢复了“东台中学”，这是共产党领导下的最早的东台中学。县长董希白兼任校长，原栟茶中学校长、四联中简师班的负责人何晴波担任副校长兼党支部书记，主持主持学校工作。1946年夏，国民党军队进攻解放区，东台县民主政府所办的“东台中学”由台城转移到三仓墩塘。同年10月，国民党县政府迁至台城，也在旗杆巷东中校舍内续办起“东台县立初级中学”。1947年夏，中共中央军委命令各地动员参军参战，墩塘的东中师生积极响应，部分教师和大部分学子投笔从戎，《江海导报》、延安人民广播电台均专题报道褒扬。
发展之期
    1948年秋东台解放，东台县人民政府又一次接管了台城旗杆巷校舍，东中也由墩塘迁回旗杆巷，更校名为“苏皖边区第一行政区东台中学”，由何晴波担任校长。1950年更校名为“苏北东台初级中学”，同年在台城体育场边建四个教室上课。1952年征地百余亩，在台城体育场东兴建新校园。1953年迁入新校园开课，同年秋，东中增设高中部而成为完中，副县长朱明熙兼任校长，当年招收高一新生两个班，改校名为“东台县中学”。1964年，东中被列为江苏省48所试点中学之一，开办了二年制高中试点班。
    1966年“文革”开始后，东中停课两年多，学校元气大伤。1968年11月，东中高中部师生步行百余里，至黄海之滨八里风洼处，开荒创建农村分校，起名为“东台县中学红卫兵战校”。1969年4月，东台县革命委员会决定“两校”分开，将海边的东中农村分校命名为“东台县红卫兵战校”，专招高中学生；台城的“东台县中学”保留原名，只招初中学生。
1974年秋，东台县革命委员会又决定将“红战校”并入东中，合并后的校名仍称“东台县中学”，校本部设在台城原址，海边的校舍又一次成为东中的农村分校。1978年东中改名为“东台县第一中学”，同时，海边的农村分校与校本部脱钩而另办职中。
腾飞之期
    改革开放后，东中于1980年被定为江苏省重点中学，1984年9月又恢复了“东台县中学”校名。1988年东台撤县建市后，东中更名为“东台市中学”。1991年学校制定了“一年起步，二年爬坡，三年全省争上游”的目标。三年目标二年完成，高考升学率名列盐城县区同类学校第一名。
    1997年，东中在城南惠民路设分校，初中部迁往分校。1999年1月，东中更名为“江苏省东台中学”。2000年，东中在台城东亭北路东征地213亩，创建新校区。2003年，东亭北路新校区基本竣工，高中部相继迁入，初中部则返回新东西路老校区。2004年完成了新老校区的交替和高初中部的全面整合。为适应社会办学需求，在原有“东台市实验初中”的基础上创办了“东台市实验中学”（民办）。2009年，在东台市委、市政府积极实施均衡教育的背景下，“东台市实验中学”整合台城初中，成立了“东台市实验中学教育集团”（初中），并与江苏省东台中学（高中）脱离关系。
    2013年，江苏省东台中学组建江苏省东台中学教育集团。集团旗下有两个校区：江苏省东台中学城东校区和江苏省东台中学北海校区。