楚雄州境彝族，自汉、唐以来，深受道教、佛教和儒家文化的习染，然而在民间，保留有较完好的自然崇拜、图腾崇拜、祖先崇拜、土主崇拜等原始宗教的残余。
（一）自然崇拜
自然崇拜是直接源于万物有灵观念的一种原始信仰。彝族传统认为，日月星辰、雷电风雨、草木山川、巨石悬崖、飞禽走兽等等，皆有其神灵。人若敬之，会有其佑；人若惹之，必得灾祸。彝族传统信仰山神、土地神、日月神、五谷神、巨石神、树神、龙神、雷神、火神、桥神、屋神、灶神、畜神、工具神、白虎神等等，对各种神灵有其相应的祭祀（或驱赶）仪式。另外，彝族尚有相信兆头、占卜和巫术的习俗。
（二）图腾崇拜
图腾崇拜在州境彝族中表现较为普遍，其中以虎图腾最为明显。州境操中部方言者有20余万自称“罗罗濮”，“罗罗”义为虎，“濮”义族或人，即彝族以“虎族”或“虎人”自命；他们在举行祭祖仪式时，须由巫师在葫芦瓢凸面画一黑色虎头悬挂于门楣，以象征自己的祖先，意即象征祖先是虎、自己是虎的后代。在楚雄市树苴、三街、八角等乡镇的彝族中，还保留着跳“罗嫫捏姿”即迎接母虎祖先的原始舞蹈。这种自称虎族、视虎为祖的现象，当属虎图腾的遗迹。流传于姚安、大姚、牟定等县的彝族史诗《梅葛》则认为，世间万物皆由虎尸解而成。这种自称虎族、视虎为祖、认为万物由虎化成等现象，当属虎图腾的遗迹。此外，据有关学者调查，楚雄州境尚有黄牛、猴、猪、龙、蛇、鸟、梨树、水、山、葫芦、青松等图腾。
州境彝族现今多已用《百家姓》为自己的姓，少数不用《百家姓》的也已用如“者”“阿”“自”等汉字为自己的姓。但彝族用以判断是否可以通婚的婚姻界限不是看对方是否与自己同姓，而是看对方制作祖灵的质料是否与自己相同。如同样姓鲁，根据神灵质料，有“葫芦鲁”、“青松鲁”，二者虽然都姓鲁，但祖灵质料不同，可以通婚；同样姓李，有“葫芦李”、“棠梨李”，二者虽然都姓李，但祖灵质料不同，也可通婚；然而“葫芦鲁”与“葫芦李”，虽一家姓鲁、一家姓李，不属《百家姓》中的同姓，但他们的祖灵质料同为葫芦，是故不能通婚。由此可见，葫芦、青松、棠梨以及竹根等等，也是楚雄彝族用以区别婚姻界限的图腾标志。
（三）祖先崇拜
彝族盛行祖先崇拜。他们认为，人有三魂。人死之后，三魂一个（头魂）到祖先发祥地与祖先灵魂团聚；一个（脚魂）留守坟山；一个（心魂）由毕摩收附于祖灵在家接受子孙供奉——待第五代举行祭祖大典后，三魂合一升天，化为“吉禄”，长久保佑后代。是故彝族丧葬尚保留着做法事，制作“祖灵”的习俗。
州内东部方言和北部方言的彝族，其祖灵系用茅竹制成。制作方法是先由毕摩念经，将死者灵魂“收附”于某山的一株茅竹之上，尔后由毕摩带死者的幼子到山中，献上酒和鸡蛋之后，将该竹连根拔起带回。取一段根节（长短与幼子拇指首节相等），依死者性别，扎上红绿丝线，男用红线扎9匝，女用绿线扎7匝，放入一小篾箩中，再经毕摩念经，使死者灵魂“附”于其上，然后置于堂屋正壁上方的“祖灵洞”内。祖灵彝称“玛都”——指物而言，或称“阿普诺司”——指神而言（彝语“阿普”义祖先，“诺司”义神灵）。其他方言支系的彝族或用葫芦、青松根、棠梨树根、樱桃木、栗树、马樱花树根、杏树根、梅树根等物制作祖灵，或请巫师在羊皮或布料上绘制“祖先画像”为祖灵。不同的祖灵都必须经过毕摩念经作法，将死者灵魂收附于其上，方能置于家堂供奉。祖灵制成后，即成祖先象征，逢年过节或喜庆之日，都要祭祀。平时忌在供桌上摆放杂物、忌提及祖先名讳、忌在堂屋内说粗话等等，认为这样会冒犯祖先而殃及后人。
按传统，祖灵积五代后要阖族举行送祖大典，将家中供奉的祖灵送入深山岩洞中安放，称之为“祖灵归山”。(彝称“耐木”，“耐”义为鬼神、“木”义为办理，马学良等一些学者称其为“作大斋”)。此仪式极为盛大、复杂，其目的在于超度死者亡灵，使之转世。
彝族对祖先的崇拜，还体现在其对祖先墓地的护理和每年对祖坟的祭祀、扫墓活动，对滇、川、黔、桂四省区彝族共祖阿普笃慕认同，以及彝族的父子联名制谱系等等之中。
（四）土主崇拜
彝族崇奉“咪司”。彝语“咪”义土地，“司”义主或神；汉语常将坝区、半山区彝族的“咪司”译为土主，将山区彝族的“咪司”译为山神。彝族认为，“咪司”是地上最大的神灵，其职责是管理本乡本土内庄稼丰歉、人畜灾病、禽兽生息、草木枯荣等等。彝区普遍设有土主庙，庙内至少有3神：右土地、左山神、土主居中。所塑土主像可分3类：一是人形，以南诏君主细奴罗、皮罗阁、阁罗凤、异牟寻、隆舜或当地彝族英雄如李文学、杞彩顺及“陈三本官”等为土主；二是以三头六臂的大黑天神为土主；三是以虎形泥塑或其他神灵画像为土主。据《楚雄市志》载，楚雄市城西原有土主庙供奉“本境西山威雄土主大黑灵应天神”，其神像青面獠牙，六只手——前面手两掌心有日、月二字，其余持令牌、持圣旨、持铃、持叉，乘坐白牛，俗称“本方老爷”。每年集会跳庙一两次，祈求六畜兴旺，五谷丰登。
楚雄市境现存面积最大、保留最完整的是苍岭镇西云村紫峨山麓的团山土主庙；年代最早的土主庙为原南安州城云龙镇（2006年并入子午镇）的凤凰山土主庙；另有东瓜桃园朝阳寺村的土主庙，建于清光绪八年（1882年），现存大殿3间、北耳房1间，北山墙上保存有反映清代官员出行的大型彩绘壁画1幅，1998年11月公布为市级重点文物保护单位。在三街镇的土主庙内，亦有3组壁画保留至今。
居于深山的彝族多不设庙，但每村亦必有土主山——彝称“咪司白”，在山间坪子上选3棵大树象征土地、山神和土主，就树下设坛祭祀。“咪司白”山上禁放牧、开荒、砍伐。过去在春播前或秋收后，或在灾害严重、人畜瘟疫之时，都要阖村进行祭祀，现仅在成年人久病不愈时，间或有人祭祀。牛、马、猪、羊下崽后，也常在厩门杀鸡祭“咪司”。
除本村“咪司”、厩门“咪司”外，彝区尚有能保一方一境（一乡或数乡）人畜平安的大“咪司”，祭祀这类大“咪司”的地方，现多已演化为一方彝族的节日集会场所。