石柱县以石潼关、砫蒲关二名首字而得名，县东有石砫山。石柱县地，古为《禹贡》梁州之域。西周、春秋(前1027-前476)属巴国“南极黔涪”领地。战国(前475-前221)先后属楚黔中地及秦黔中郡。
秦，县地大体以七曜山脉为界，大部(长江南岸至七曜山脉西面)属巴郡，少部(七曜山脉东面)属黔中郡。
两汉，县地仍大体以七曜山脉为界，大部属临江县(今忠县)南境，少部属涪陵县(今彭水)北境。
三国时期，西界沱是蜀汉益州以长江为界，分置巴、巴东、涪陵三郡之交界地，县地仍属江南之涪陵郡涪陵县(今彭水)。
西晋、东晋、十六国，县地均属涪陵郡涪陵县。
南北朝宋时，县地改属巴郡。齐，属巴郡(今重庆)临江县(今忠县)，梁，属临江郡。北周，初属临江郡，武帝保定初(561)属临江地分置的南都郡源阳县，建德四年(575)，属南都郡源阳县改名的怀德郡武宁县(今万县武陵镇)。

隋，县地均属临州武宁县。
唐武德二年(619)，武宁县改属浦州，同年析浦州之武厅县西界地置南宾县(今石柱)，隶临州(今忠县)，为县境建县之始。
五代十国、前蜀、后蜀循唐制，南宾县隶忠州。唐末，南宾县处于多个地方军阀的争夺之地，政事难行。
北宋至明洪武十四年(1381)，均循唐制，置南宾县，隶忠州。
南宋建炎三年(1129)，置石砫安抚司，马定虎受封石砫安抚使，建立局势机构，节制九溪十八峒。
元初在南宾县地设立为石砫军民府，后升为石砫军民宣抚司。元末，明玉珍据蜀，建立夏政权，改为石砫安抚司。
明洪武八年(1375)，置石砫宣抚司，隶重庆卫;十四年撤消南宾县，改为南宾里。自此，石砫宣抚司成为一个政区。明嘉靖四十二年(1563)，改隶夔州卫。天启元年(1621)，石砫女宣抚使秦良玉勤王有功，升石柱宣慰司。
清顺治十六年(1659)，石柱宣慰司隶川东道夔州府。乾隆二十二年(1757)，改置石砫厅，实行改土归流，仍隶夔州府。二十六年(1761)，升为四川省石砫直隶厅，直隶四川省。

民国二年(1913)，改为石砫县，属四川东川道。十九年(1930)，改石砫厅为石砫县。民国二十四年(1935)，石砫县改隶四川省第八区行政督察专员公署，驻酉阳。民国三十七年(1948)，改隶四川省第九行政区督察专员公署，驻万县。
1949年，石砫县城解放。1950年，正式成立县人民政府，隶川东行署区涪陵专区。1952年，隶四川省涪陵专区。1959年改为石柱县。1984年成立石柱土家族自治县，隶四川省涪陵地区。1988年改隶四川省黔江地区。1997年6月18日，随黔江地区改隶重庆市。
重庆石柱县旅游资源丰富，集中体现出绿色生态、土家风情、历史文化三大特色。黄水国家森林公园里的原始森林大风堡、土家乐园毕兹卡绿宫、高原明珠黄水湖、中国一号水杉母树、天然画廊油草河等景区景点和喀斯特地貌大观园千野草场、明清古镇西沱云梯街、千年古刹银杏堂、秦良玉古战场遗址万寿寨等犹如一颗颗璀灿的明珠闪耀在长江三峡旅游黄金线上。
土家族历史的积淀形成了独特的风土人情，重庆民歌《太阳出来喜洋洋》唱出了土家人的情怀，西兰卡普织出了"五谷丰登"、"福绿寿喜"。
风景名胜有：
（1）黄水国家森林公园：黄水国家森林公园地处巫山沉积岩中山地貌，最高海拔1934米，最低海拔800米，平均海拔1600米，总面积50400公顷。风景区拥有毕兹卡绿宫、中国一号水杉母树、黄水湖、马老城、出鱼洞、大风堡原始森林风景区、十二花园姊妹峰、明清西沱古镇、地主庄园姚家院子等散落的36处景区景点。
（2）黄水药用植物园：黄水药用植物园位于黄水国家森林公园中，是重庆首个以“药”为主题的植物园，也是重庆首个集中药材种植加工、科研科普、标本陈列、黄连苦文化和土家风情展示为一体的多功能的生态旅游景点。
（3）大风堡原始森林风景区：大风堡原始森林风景区属巫山山系七曜山余脉，主峰海拔1934米，是石柱县最高峰和重庆东部最高山峰 ，有“渝东第一峰”美誉。景区内有“十二花园姊妹山”、小风堡、卧牛石、油草河、摩天坡、三层岩、狮子岩及牛路口古蜀道、万胜坝土家民居、新开寺遗址、大石桥、跳墩河、八角庙等自然人文景观 20 余处。
（4）毕兹卡绿宫：毕兹卡绿宫位于黄水镇，海拔1560米。区内森林茂密、苍挺葱绿、瀑飞溪碧、沟壑纵横，有森林迷宫、土家乐园、山路十八弯、摆手堂、树屋、旱冰场、弹琴蛙池、森林拓展训练等景点。
（5）千野草场：千野草场景区位于方斗山山脉岩口至瓦屋沿线，全长22公里，离长江口岸西沱镇仅30公里。平均海拔1300米，区域面积3300公顷。景区内资源类型独特，具有万亩草场、万亩火棘、万亩石牙、万亩森林四大特色旅游资源。
（6）万寿山：万寿山也称为万寿寨，位于重庆石柱县城东部20公里处，是以明代秦良玉筑寨御敌古战场为主的历史文化景区。为县级文物保护单位。
（7）秦良玉陵园：秦良玉陵园位于重庆石柱县城东3公里，是秦良玉陵寝墓地，为市级文物保护单位。秦良玉陵园始建于清顺治五年（1648年），占地面积8万平方米，由陵园区和秦良玉家庙三教寺两部分组成，良玉墓呈圆形，坐南朝北，条石镶砌，墓前27平方米拜台左右有华表、青狮、白象、石马、石佣各一，墓前宽3米，长50米神道两侧有明末风格石雕48尊。三教寺占地面积2800平方米，由大山门，藏经楼，三清殿，玉皇殿，大佛殿及厢房等建筑组成。
（8）龙骨寨风景区：龙骨寨风景区位于重庆石柱县东南部，毗邻万寿寨景区，与黄水国家森林公园遥相呼应，是集避暑休闲、动植物观赏、科普考察、生态环境保护、佛教文化体验于一体的综合性山岳型森林佛教旅游胜地。
（9）西沱古镇：西沱古镇是国家历史文化名镇，云梯街重点文物由巴盐古道、明清商铺、宗教建筑、会馆驿站、特色民居等建筑群组成，包括了南龙眼桥、北龙眼桥和下盐店等43处重要文物。
（10）土家咂酒：土家咂酒源于隋末唐初，以糯米或高梁、玉米、小麦为原料发酵酿成，贮藏于瓦坛子，浓度低、味甘甜，用竹、麦、芦管吸吮。土家咂酒是土家族人庆祝喜庆节日、欢迎贵宾的"喜庆酒"。
（11）莼菜：莼菜是一种水生植物，对生长环境要求苛刻。石柱莼菜产业已突破初级产品出口的局面，正向着深加工方向发展。