连云港下辖和新浦、海州、连云三区、国家级经济技术开发区以及赣榆、灌云、东海、灌南4县。港口作为一种资源是连云港市最具有特色的一大优势。其主要表现为两方面：一是连云港与海州湾沿岸附近的柘汪港、燕尾港、小丁港乃至石臼港等，构成中国未来大型的港口群体，具有较强的对外贸易能力。同时，柘汪港、燕尾港、小丁港3个港地势开阔，可容纳大规模的临海工业。
连云港是全国十大海港之一，亿吨大港。港口现有万吨以上泊位30个，2009年，连云港港口共完成货物吞吐量11378.3万吨，名列全国第八，仅次于大连港。连云港已成为中国重要的综合性国际贸易枢纽港，与世界上160多个国家和地区的近1000多个港口有着密切的通航关系和贸易往来。连云港市以港口为中心的海陆空立体交通网络初步形成。民航开通了到中国重要城市北京、广州、上海、海口等地的航班。铁路客运和货运列车可直通北京、上海、郑州、南京、成都、武汉、西安等大中城市，并通过陇海线、京广线、京九线、京沪线等连接中国各地。连云港是中国十大交通枢纽之一，公路对外交通已全部实现高速化，国家重点建设的同三、连霍两条高速公路在境内交汇。

连云港开发区的新医药产业以其“强、大、新”的独特优势领跑同行业。以西药、中成药为主体，医药包装材料和器械为辅翼的现代医药产业集聚而成的“中国药港”。目前，连云港经济技术开发区国家火炬计划新医药产业基地内已建成4家国家重点高新技术企业，3家省级高新技术企业。其中，江苏恒瑞医药居全国首届大中型工业企业“自主创新能力行业十强”，国内最大的抗肿瘤药物研发和生产商，抗肿瘤药市场份额在国内排名第一，化学药品制剂制造列全国第二位。已先后在上海、连云港、美国设立三大科研中心，专门从事新药研发，将努力建设成为中国的专利药厂。康缘药业创新能力位居全国中药工业企业前三名、制药工业企业前二十名，将建成我国中药现代化示范企业。同时，区内已建成恒瑞医药、康缘药业、豪森药业、中金玛泰、美国艾业等一批骨干型医药生产企业。