三元信仰源远流长，早在1600年多年前东晋时代，干宝的《搜神记》上便载有东海人陈光蕊，生了三个儿子，得道升仙。分管天、地、水三界的记叙。明代苏北鲁南三元信仰非常兴旺，万历十五年(1587年)淮安人谢淳破家扩建三元宫，奠定了三元宫建筑群的基础。《西游记》的作者更是三元的坚定信仰者，书中说唐僧是东海陈光蕊的儿子，这庙里的三元也就是唐僧的骨肉兄弟了。近年三元宫易名海宁禅寺，改塑释迦牟尼佛，三元圣像已移至东配殿。
大雄宝殿面前有两棵千年银杏，显示着三元宫古老的历史。抗日战争时三元宫遭受日寇飞机的狂轰滥炸，这两棵树虽然枝干断裂遍体枯焦，但在胜利的春风吹拂下，又绽发新芽，结出了累累果实。三元宫近年经过多次修葺，已逐渐恢复原貌，只在东南部位的下方，保留下一块当年的残垣断壁，作为历史的见证。 　　过三元宫拾级而上，不远处便是义僧亭。1938年夏天，三元宫惨遭日寇飞机轰炸后，寺僧们联络山民共20余人奋起自卫，多次成功地伏击了搜山的日寇。1939年农历七月十四日早晨，日寇集中300余人，兵分四路围剿三元宫及所属寺庙，戳死仁芳法师，绑走德选等四位法师和六位山民，除放走一位山民外，其余全部活埋。几天后，日寇又两次前来控山，把三元宫及所属的玉皇宫、九龙庙、屏竹社等13处庙宇全部放火焚烧，使这座海内知名的庞大庙宇群化为一片瓦砾。 　　为了纪念云台山的抗日僧众，教育后代勿忘国耻，连云港市人民政府在三元宫附近兴建了义僧亭，亭中碑石上镌有彭云撰文、周庚如书丹的《云台山僧众抗日纪念碑记》。 　　过义僧亭油口票碑、高心泉，便到了屏竹禅院。屏竹禅院坐落于一片金镶玉竹之久金留玉竹是竹子里面的珍品，嫩黄色的竹竿上每节都有一条绿色的浅沟，位置上下交错，此前彼后，好似在金版上镶进一块块碧玉一般，美丽淡雅。金镶玉竹在宋代的文献上便见记载，后渐渐失传。
10多年前内地发现几百株野生的金镶玉竹，一些植物学家便惊叹为很有价值的发现。后来人们才知道这种所谓失而复得的珍稀品种，在云台山上千余年来一直生长繁衍得很好，所以1993年6月邮电部发行的特种邮票《竹子》，其中第二枚就采用了连云港的金镶玉竹。 　　屏竹禅院为明代谢淳舍家开山时所建，曾惨遭日寇焚毁，仅存院门。1984年政府拨款重建。屏竹禅院又有松风殿、好生堂、屏竹社等名称，面积虽不大，但在园林设计上却达到了较高的境界。 　　惠心泉一井两眼，象征着珠联璧合，心心相印。泉水特别甘甜，过去禅寺的和尚就是用此泉水烹茶待客。 　　南花厅是品茶的好地方，用惠心泉的水泡云雾茶，为云台山茶道中的双绝。胡耀邦、谷牧等党和国家领导人曾来此品茗休息。