植物资源

剑门山区植被丰富，境内森林以常绿针叶树柏，松和落叶阔叶树桤，栎及小量杨、桐、枫、榆等杂树组成。境内有天然气、膨润土、沙金、铀矿等矿藏资源。
景区属四川省松栎林亚区，境内森林以常绿针叶树柏、松和落叶阔叶树桤、栎及少量杨、桐、枫、榆等杂树组成。森林覆盖率50%以上。境内成林植被主要为柏木林、马尾松林、栎林、桤木林、杂树林、竹林及茶林等。 珍稀植物包括古柏(树龄一般在400～2000年)、剑阁柏木、银杏、白皮松、天师栗、香樟、飞蛾树、红豆木及剑门兰花等。[2]
动物资源

景区内有野生动物224种，哺乳类动物有47种、鸟类84种、爬行动物12种、两栖动物6种、鱼类75种；属国家重点保护的野生动物25种，包括金钱豹、锦鸡、猕猴、小熊猫、龟、剑门画眉等。[2]
水文资源

景区内河流为大剑溪完整流域，属清江河支流，大剑溪发源于黑山观，流溪谷浅，至剑门关陡然深切，降落50米，形成显著的剑门关峡谷。小剑溪发源于北薄家沟，经大吊岩、凉水沟，形成剑雄湖、龙王潭和凉水沟水库，在大石咀与大剑溪汇合，流域面积120km2。
剑门山脉积石阻云，沟壑纵横，下自成溪，剑门山汇集的雨水，都是顺着西北高、东南低的地势，由涓涓细流聚成条条河流，流经溪涧沟壑，注入清江河水系，汇入嘉陵江。发源于剑门山的水有西河、闻溪河、大小剑溪。西河源于五子山分水岭西南，其流经剑阁县境内东宝、武连、正兴、开封、迎水、柘坝、长岭等地，流经南部县、阆中市汇入嘉陵江。闻溪河源于五子山分水岭东南，流经盐店、北庙、普安、闻溪至江口注入嘉陵江。大小剑溪，分别出源于剑门镇黑山观，汉阳镇北蒲家沟，两溪在剑门隘口至大石沟汇合流入清水江，清水江在曲回乡张家注入白龙江后汇入嘉陵江。