福清少林寺历史悠久，源远流长，始建于唐代，毁于战乱。近年经考古工作者调查、考证和考古挖掘，在1993年6且4日，在福清市东张镇少林自然村，找到了少林寺遗址。又经福建省、福州市联合考古队对遗址进行考古发掘，出土大量珍贵文物，诸如遗址中发现“少林院”、“少林”等石刻铭文，以及石桥、石盂、石槽、石碾（药臼）、石碑、石础、石舂臼、石磨、石香炉、瓷器、钱币、铜镜，还有和尚墓塔等上千件文物，不胜枚举使少林寺遗址得到科学的验证。

    1993年6且4日，在福清市东张镇少林自然村，找到了少林寺遗址。又经福建省、福州市联合考古队对遗址进行考古发掘，出土大量珍贵文物，诸如遗址中发现"少林院"、"少林"等石刻铭文，以及石桥、石盂、石槽、石碾(药臼)、石碑、石础、石舂臼、石磨、石香炉、瓷器、钱币、铜镜，还有和尚墓塔等上千件文物，不胜枚举使少林寺遗址得到科学的验证。这一争论多年的历史悬案，终于有了圆满的答案。福清发现的少林寺遗址，史册记载之多，遗址规模之宏伟，遗迹结构之完整，遗物分布之广泛丰富，以及所显示的文化内涵与河南嵩山少林寺之相似，在福建都是仅见的。特别是经过省、市考古队对遗址进行考古发掘，无论在史证和物证两方面，与史籍记载相符的福建少林寺(史称南少林寺)。

    这个重大成果已得到各界专家肯定。特别是嵩山少林寺三十三代法师、中国国际友好联络会理事、嵩山少林寺武术学校校长释永寿听说后，特地率团到福清考察少林寺遗址，经过七天的考察研究，他向外界郑重宣布，福清南少林寺的寺址无可置疑是名副其实的少林寺遗址。因此，我们有理由认为，中国南北两个少林寺是历史的事实，我们也有理由认为南少林寺在福清。

    1994年11月，福建省宗教局和福州市政府先后下文，批准福清在原南少林寺遗址上重建南少林寺。其后，嵩山少林寺曹洞正宗第四十七世、西来堂上第三十三代永国禅师和嵩山少林寺曹洞正宗第四十五世、永化堂上第三十一代德政禅师(后应邀到河北满城北少林寺任书记和、又到河南郑州荥阳龙泉寺任书记、再到广东清远御金街驻锡开创少林禅院)先后到此驻锡常住，使福清南少林寺得到重兴。现在我们看到的就是新建的福清南少林寺，由福清市政府和广大旅外爱国爱乡侨胞共同修建的，目前建有牌坊、山门、天王殿、大雄宝殿、达摩祖师殿等，已初现千年古刹当年的风貌。福清南少林寺遗址已被福建省政府列为省级重点文物保护单位。每年都吸引众多海内外游客前来旅游观光。