7月7日芦沟桥事变后，我县各界举行集会，声援抗战。同时，以全椒县立中学校师生为主体成立抗日救国会，募捐钱粮；并强迫张渭清等大地主交出一定的钱粮，支援抗战。
12月22日，日军两角部队侵占全椒城，全椒首次沦陷，县积谷仓粮食被日军抢劫一空。不久，刀会与田国桢领导的抗日武装联合围攻县城不下。
民国二十七年，元月30日，全椒城日军300多人由飞机掩护至小集、大马厂等地“扫荡”，沿途烧毁房屋300余间，屠戮30余人。
2月27日，日军一个班被六镇、程家市两地群众击毙。
3月底，东北流亡抗日挺进纵队200余人进驻小集周埠村。
春，赵凤藻出任国民党安徽五区专员兼保安司令，设司令部于古河镇，并改编地方杂牌部队为两个保安团。
4月，全椒县国民政府成立县抗日人民自卫军。
5月16日，日军退出全椒城。
5月17日，日军三架意大利造飞机轰炸全椒城，县政府、财委会大楼和积谷仓等建筑物被炸毁，20余人被炸身亡。
夏，王永、田国桢率县国民政府抗日人民自卫军常备大队两个中队加入东北流亡抗日，挺进纵队；随即，挺进队进入县城。
8月，国民政府和(县)、含(山)保安队袭击挺进队司令部，挺进队损失很大。
10月，新四军四支队八团进驻大马厂山根王村。
11月，新四军八团领导人因对挺进队存在的问题分析失误，强行改编挺进队为八团一部。
冬，李本一接替赵凤藻任五区专员兼保安司令，带领广西军一个连和省保安第九团至古河上任。本年，县国民政府在程家市设立第一所公立医院——全椒县卫生院。
民国二十八年，年初，以童苏群为团长的安徽省动员委员会直属第三工作团到赤镇、古河一带开展抗日宣传。
元月，中共皖东工委机关由巢县迁至我县大马厂二湖冲杨村。
春，共产党领导的陈世义小游击队在大马厂附近成立。
2月中旬，新四军参谋长张云逸到达大马厂；下旬，新四军四支队七、九两团相继东进全椒。
2月22日，新四军四支队政治部战地服务团进驻大马厂及周家岗附近的西何、陈郢、大汤宣传抗日。本月，中共皖东工委在赤镇建立中共省三工作团支部。
4月26日拂晓，日军半部队分东、西两路进攻县城，全椒再次沦陷。县国民政府先流亡赤镇、大马厂等地，后迁至程家市。
本月，中共周家岗直属区委、全椒区委、和含全县委相继成立。
7月，我县第一个农村党支部——中共三户侯支部成立。
8月，新四军四支队七团营长徐万炳奉命在周家岗、枣岭集、石沛桥以及滁县花山一带组织一支五、六百人的游击队。
10月，撤销中共和含全县委，正式建立中共全椒县委。
12月下旬，日军2000多人对路西抗日民主根据地前哨——周家岗和国民党五区专员公署所在地古河进行“大扫荡”，被新四军江北指挥部副指挥徐海东指挥四支队七、九两团粉碎。
本年，国民党安徽省党部配合省教育厅在我县程家市西街设立安徽省第一中山民校，
在古河设立安徽省第二中山民校。抗战胜利后，两校撤销。
本年，以共产党人为主体的第五战区政工二队到达石溪，发动群众向大地主张渭清开展斗争，在国民党左派人士、全椒县国民政府县长朱遂的支持下，取得减租减息斗争的胜利。
民国二十九年，年初，汪伪县政府组成了汉奸武装“县自卫总团”。
2月，中共全椒县委书记徐赓被国民党第十游击纵队谭摹宁部秘密杀害于大墅街附近的龙山脚下。
3月，全椒县国民政府奉令改编“抗日人民自卫军”及“社训队”为县“国民兵团”。
本月，中共津浦路西省委派李国厚来周家岗扩充武装，组建了全椒县独立大队，后被县抗日民主政府改编为县总队。
6月，全椒县抗日民主政府在周家岗正式建立。
7月22日，汪伪全椒县政公署成立，后改称全椒县政府。
11月22日，国民党重兵占领周家岗，中共全椒县委和县抗日民主政府撤至我县枣岭集和滁县花山地区坚持抗日斗争。
冬，孤山游击队成立。
本年，任光谦在石溪乡朱福村创办全椒第一所私立中学——光谦中学校，民国三十三年停办。
民国三十年，3月3日，新四军二师粉碎了日伪军的“扫荡”，收复周家岗，中共全椒县委和县抗日民主政府迁回周家岗。
10月23日，国民党军队进攻周家岗，周家岗二次失守。
11月，为坚持抗日斗争，中共津浦路西区党委在孤山地区增建了中共全西工委。

民国三十一年，2月28日晨，中共全椒县委书记王枫为开辟二、七师交通线，在官渡附近的滁河溺水牺牲。
4月，中共全西工委与合肥县委合并成立中共全合县委。
5月，撤销中共全椒县委，建立中共江和全县委。
8月，撤销中共全合县委，建立中共孤山直属区委。
9月16日，国民党军队十纵队司令龙炎武率三个支队在省保安六团配合下向藕塘侵犯，民主政府孤山游击队乘其后方空虚，一夜捣毁六个乡公所，拔除五个乡镇的碉堡。
秋，县国民政府田赋改征钱为征实。
12月，撤销中共孤山直属区委，建立中共孤山县委。
本年，县抗日民主政府在全二区建立王郢中心小学，实行以抗日救国为目标的新教育制度。
民国三十二年，3月，根据中共中央华中局指示，新四军二、七师以滁河为界，全椒县的滁河以北地区属二师所辖滁全县领导，滁河以南地区为七师所辖江全县领导。
4月29日，在孤山建立抗日民主政府全合直属区。
10月，撤销滁全县和全合直属区，在石沛桥王郢村重建中共全椒县委和全椒县抗日民主政府。
12月12日晨，为打破国民党顽固派对路西抗日民主根据地的重兵包围，新四军二师四旅十团、十一团一部并孤山游击队奔袭程家市，打掉国民党七个县的流亡政府。
本年，日本侵华军为在经济上封锁抗日民主根据地，向民众倾销日货，授意汪伪县商会就城内各商号拼凑了商业组合”，各商家被迫实行联购分销。
民国三十三年，元月1日，县抗日民主政府改编孤山游击队为县总队。
春，国民党第五战区第十纵队司令柏承君大肆捕杀国民党区乡干部、教师和革命群众，先后逮捕了400余人，杀害近百人，制造了骇人听闻的皖东大屠杀案。
5月底，为反击日伪军向路西根据地进行的“大扫荡”，新四军十团一部在全椒县总队的配合下，一夜拔除县城等日伪据点的炮楼十座，迫使驻全日军撤回县城。
秋，省立古河师范创办于古河镇耿氏宗祠。
11月下旬，新四军四旅十团、旅侦察连攻打驻守周家岗的国民党军队，获得“周家岗攻坚战”的胜利。
下半年，南京汪伪政府“警卫二师”李佩吾团进驻全椒城。
本年，城乡瘟疫流行。
民国三十四年，上半年，抗日民主政府全椒县总队和各区模范连升入新四军主力部队。
8月15日，日本天皇裕仁宣布无条件投降后，新四军二师四旅从枣岭集、石沛桥出击，并沿滁全公路全线展开。驻全日军有计划地将县城让给国民党一七一师，后被国民党军队遣送至乌衣火车站。随即，县国民政府迁回县城，全县民众张灯结彩，游行集会，庆祝抗日战争的胜利。
本月，滁县、全椒两县民主政府再次合并成立滁全县政府，次年2月改为定滁全县民主政府。
民国三十五年，5月，全椒县国民政府参议会正式成立。
5月上旬，国民党重兵合围路西解放区。
6月，新四军驻全部队和全椒党政机关及地方武装主动从周家岗、枣岭集等地北撤至津浦路东。
12月4日夜，中共和含全工委书记孙一新被全椒县国民政府秘密杀害于县城北极阁。民国三十六年，春，全椒籍人高长柱、陈金城、金克和、朱以阶四人回县竞选国大代表。秋，国大代表名额被国民党中央划给民主社会党，民主社会党指定汪传一为国大代表。高长柱因选票居首，当选为国大候补代表。
11月下旬，国民政府县长吴艘为侦破周二粮行被抢案，在全县逮捕无辜群众70余人，12月分批杀害19人。
本年，中国三民主义青年团全椒分团部成立。
本年，合浦路动工，9月30日通车。