南麂列岛受海浪和潮汐的侵蚀和冲击，基岩裸露，且多呈陡崖峭壁
南麂岛
南麂岛
。水深一般在15m-25m之间，南麂岛东北和西南两侧为深水通道，其水深在30m以上，最深处达45m。 南麂岛为主岛，位于列岛中央，其地理坐标为27°27′N，121°05′E，东西最宽处3.3km，最窄处仅150m；面积为7.64k㎡，最高点海拔229m，岸线长24.8km，有大沙岙、火炬岙和马祖岙、国姓岙4个海湾，分置于东南和西北两个方向，以致南麂岛形似奔麂状而得名。

南麂列岛地处台湾暖流与江浙沿岸流交汇和交替消涨的海区，属亚热带海洋季风气候。区内海洋生物物种繁多，区系成分复杂，自然生态系统保存良好，生物种类有很多：鱼类397种、虾类79种、蟹类128种，而贝藻品种之齐全居各海域之冠。本区已鉴定的海洋贝类有403种，其中19种为国内首次记录，海洋底栖藻类有174种，其中黑叶马尾藻为世界海洋藻类的新种，贝藻类种数约占全国的29% 以上。本区的贝藻类不仅种类丰富，而且还具有温、热带两种区系特征和地域上的断裂分布现象，堪称我国近海贝藻类的一个重要基因库。
南麂号称贝藻王国，蓝色牧场，自然资源丰富，各类海鲜不胜地枚举，主要鱼种有，大小黄鱼，黄姑鱼、带鱼银鲳等常见济经鱼类、稀有名贵鱼有鲟鱼、鲥鱼、黄唇鱼等。蟹虾类307种、还有贝藻类403。
1999年南麂列岛因海洋生物具有多样性被联合国教科文组织列为世界生物圈保护区。[3]