明弘光元年四月（清顺治二年，1645年（乙酉年）），南明弘光朝兵部尚书史可法督率扬州军民抗御清军围攻的守卫战失败以后，清军对扬州城内的人民展开了惨无人道的大屠杀，当时的幸存者王秀楚所著《扬州十日记》中记载屠杀共持续十日，故史称此事件为“扬州十日”，此劫扬州死难八十万人。

1645年，清政府设立江南省，扬州府属之。

康熙六年（1667年），江南省正式分为江苏、安徽二省，扬州府属江苏省[3] 。

咸丰三年（1853年）四月，太平军攻占扬州，曾改扬州府为扬州郡，改甘泉县为甘泉天县，历时8个多月。清末，扬州府领高邮州、泰州和江都、甘泉、天长（滁州）、仪征、兴化、宝应、东台县，俗称“扬八属”。

宣统三年九月十七日（1911年11月7日），扬州光复。二十日，扬州军政分府宣布成立，隶属镇江都督管辖。民国元年（1912年）1月，废扬州府，并甘泉入江都县，原扬州府所属各县直隶江苏省。民国3年6月，江苏省分为5道，江都县属淮扬道。

民国38年（1949年）1月25日，江都县城（扬州）解放。27日，设立扬州市，隶属苏皖边区第二行政区。同年苏皖边区第二行政区改称苏中行政区扬州行政专区，专员公署驻扬州市。