元朝将扬州列为皇宫食品供应基地。元至正十六年，扬州鹰房打捕鲁花赤总管府，就负责湖泊山场渔猎，以供内房内膳。

朱元璋对淮扬菜情有独钟，饮命扬厨专司内膳；这是淮扬菜系进京扎根的正式记录；正德皇帝南巡扬州，游龙戏凤，当然也不忘淮扬佳肴，艳福口福，一个也不能少。他们最爱吃的便是扬州一带江面特产鲥鱼、刀鱼、鮰鱼，称为长江三鲜。明万历年间《扬州府志》记载：“扬州饮食华侈，制度精巧，市肆百品，夸示江表……”足见其时扬州饮食之排场、之精湛、之丰饶，已经傲视江南了。

清代

至清代，两淮为繁华富庶之乡，盐漕运输的枢纽地位使扬州雄踞东南美食中心宝座，致使“涉江以北，宴会珍错之盛，扬州为最”（清康熙《扬州府志》）。“为最”的一大因素是帝王宠幸。淮扬菜加大对紫禁城宫廷膳馐影响的力度，除每年贡果品、调料外，尚要贡沙雁、野鸡、鹌鹑等野味1052只，清乾隆年间宝应每年进贡藕粉约128000千克，此外还有钦工肉圆、秦邮董糖、界首茶干等土特产。据《食在宫廷》介绍，清帝喜吃的菜有100多款，其中淮扬风味菜如红烧狮子头、清炒虾仁等达60多款，典型的例证，就是《红楼梦》作者曹雪芹的祖父曹寅在扬州任巡盐御史，每年都要贡献南味给康熙帝，所谓“水落鱼虾常满市，湖多莲芡不论钱”，常年进贡不懈的是笋，因为，清康熙皇帝喜吃春笋，每次南下必食，曹寅多次进贡扬州燕来笋以博皇上“朕心大慰”。

康熙、乾隆南巡，淮扬菜接驾更是盛况空前，据《扬州画舫录》记载：“上买卖街前后寺观皆为大厨房，以备上司百官司食饮。”