云南大学具有90余年的历史，是中国西部建立最早的综合性大学之一。其前身私立东陆大学为当时的云南省都督唐继尧所创办，于1922年12月8日宣布成立，1923年4月23日正式开学，设预科、本科、附中几个部门。首任校长为董泽。
省立和国立时期折叠
1930年，学校改组为省立东陆大学，下设文学院（包括政治经济和法律系）、工学院（包括土木和矿冶系）和教育学院。
1934年，学校改名为省立云南大学。包括文理学院（文学 教育学院）、理工学院（工学院 理科学系），并增设医学专修科。1937年，著名数学家熊庆来教授出任省立云南大学校长，云南大学迎来了历史上最为辉煌的时期。
1938年，云南大学由省立改为国立。熊庆来在任期间，费孝通、楚图南、严济慈、彭桓武等大批著名学者应邀到校执教，抗战时还有不少西南联大学者在此兼职，使学校逐步发展成为国内外影响甚大的综合性大学。到建国前，云南大学已发展成为一所包括文、法、理、工、农、医等学科在内、规模较大、面向全国招生的高等学府，包括五个学院、18个系、3个专修科和3个研究室。1946年，权威的《简明大不列颠百科全书》把云南大学列为中国十五所世界著名大学之一。
院系调整时期折叠
1952年开始的高校院系调整，把云南大学的法律、政治等学科，分别并入四川大学、北京航空学院（即现在的北京航空航天大学）、西南政法学院（现名西南政法大学）等高校，农、医、工等学院则先后分离为独立的高校。调整情况如下：
（1）航空专业分别并入四川大学和北京航空学院（即现在的北京航空航天大学）；
（2）法律、政治专业与重庆大学、四川大学等学校的相关专业合并建立西南政法学院（现名西南政法大学）；
（3）土木建筑专业分别并入中南土木工程建筑学院、重庆土木工程建筑学院；
（4）铁道管理专业分别并入北京铁道学院、长沙铁道学院；
（5）1954年8月，理工学院独立为昆明工学院（后经发展合并为今天的昆明理工大学）；
（6）1956年8月，医学院独立为昆明医学院（今昆明医科大学的前身）；
（7）1958年8月，农学院独立为昆明农林学院（今云南农业大学和西南林业大学的前身）。
1958年高校院系调整完毕后，云南大学仅设文理两科，六个系，并由教育部下放云南省政府管理。
1978年以后折叠
由于基础学科实力仍然雄厚，1978年，云南大学被教育部列为全国88所重点大学之一。二十世纪八十年代，法律等各专业先后恢复招生，云南大学重新进入快速发展的轨道。1997年，云南大学成为“九五”期间国家“211工程”重点建设的高校之一。1999年云南大学在原有法律系的基础上，合并了云南政法高等专科学校，建立了云南省规模最大的法学院（云南大学法学院）。2004年，云南大学成为省部共建高校。
经过多轮调整，17个学院、8个研究院、1个公共课教学部、1个留学生院，另有三个独立学院：滇池学院、云南大学旅游文化学院（位于丽江）以及云南大学国际文化学院。