1944年，在教育部高校评估中， 河大获得全国国立大学第三名。
1945年日本宣布投降，河南大学在12月底迁回开封。
1946年8月，河南大学成立工学院，后黄河水利工程专科学校并入。
1948年，中华民国教育部决定将河南大学全体师生从开封迁到苏州吴县，时任校长姚从吾在教育部的协助下，使河南大学得到吴县各界人士的帮助，河大师生的生活得以维持，教学逐渐步入正轨。中共中央中原局决定以河南大学一批进步师生为基础在宝丰筹建中原大学，范文澜任校长。11月，将中原大学迁往开封河南大学校址办学。
1949年，河大的左翼去了武汉、右翼去了台湾，中原大学迁往武汉办学，主要系科成为今天中南财经政法大学的前身和华中师范大学的主要基础。同时，河南省人民政府以中原大学医学院、教育系师训班500余人和河南行政学院400多人为基础，接回迁徙到苏
河南贡院旧址
河南贡院旧址[7]
州的河南大学1200余名师生，重组河南大学，省政府主席吴芝圃任校长，下设文教学院、农学院、医学院、行政学院4个学院。河南大学的历史翻开了新的一页。[4]
1952年院系调整，河南大学农学院独立为河南农学院（今河南农业大学），医学院独立为河南医学院（今河南医科大学，2000年并入郑州大学），行政学院独立发展为河南政法管理干部学院（2010年3月，撤销河南省政法管理干部学院建制，并入河南财经政法大学），水利系组建武汉水利学院（今武汉大学），财经系组建中南财经学院（今中南财经政法大学）， 植物病虫害并入华中农学院（今华中农业大学），畜牧兽医并入江西农学院（今江西农业大学），土木系和数理系数学专业并入湖南大学。同时，湖南大学地理系一部分并入河南大学。[12]