1999年，普宁共辖22镇3乡（流沙镇、赤岗镇、大坝镇、洪阳镇、南溪镇、广太镇、麒麟镇、南径镇、占陇镇、军埠镇、下架山镇、大南山镇、高埔镇、云落镇、大坪镇、船埔镇、梅林镇、池尾镇、里湖镇、石牌镇、梅塘镇、燎原镇、鮜溪乡、南阳乡、黄沙乡）；普宁华侨管理区辖2办事处（侨新办事处、侨东办事处）。
2000年12月撤流沙镇，整合周边设流沙东、流沙西、流沙南、流沙北四个街道办事处， 2002年池尾撤镇设街道办，普宁共辖5个街道（流沙东、流沙西、流沙南、流沙北、池尾）、20个镇（赤岗、大坝、洪阳、南溪、广太、麒麟、南径、占陇、军埠、高埔、云落、大坪、船埔、梅林、里湖、石牌、梅塘、燎原、大南山　下架山）、3个乡（鮜溪、南阳、黄沙）。
2003年，普宁市撤销黄沙乡，将其并入船埔镇；撤销南阳乡，将其并入梅林镇；撤销石牌镇，将其并入里湖镇。普宁市设5个街道办事处、19个镇、1个乡和3个国营农场。5个街道办事处（流沙东街道、流沙西街道、流沙南街道、流沙北街道、池尾街道）；19个镇（里湖镇、大南山镇、燎原镇、梅塘镇、占陇镇、军埠镇、下架山镇、南径镇、麒麟镇、洪阳镇、大坝镇、南溪镇、广太镇、赤岗镇、梅林镇、船埔镇、高埔镇、云落镇、大坪镇）；1个乡（鲘溪乡）；3个国营农场（大池农场、大坪农场、马鞍山农场）。[4]
2013年2月26日，经省人民政府同意，省民政厅正式批复同意普宁撤销燎原镇、大南山镇建制，设立燎原街道、大南山街道。