明清时期

明朝时期

参见：瓦剌、俄力思军民元帅府、哈密卫

14世纪下半叶，明朝建立时在西域处于退缩状态，在今克什米尔东北和藏西设明朝疆域时期的新疆[22]

置俄力思军民元帅府；1406年， 又设立哈密卫，任用当地世族首领为各级官吏统辖当地军政事宜，维持商贸通道安全，对西域地区实施羁縻控制。[10]

而此时的西域地区并存东察合台国、吐鲁番王国、叶尔羌汗国、哈密王国、瓦刺汗国等政权，均为蒙古贵族后裔，其中以东察合台国最为强大，1543年叶尔羌汗国取代了东察合台国的地位成为了西域地区的实际统治者。明朝政府为了统辖西域管理，特在哈密设卫，哈密卫作为明朝政府管理西域地区的最高行政和军事机构起着一定的作用。[2]

洪武三年（1370年）察合台汗国灭亡后其后裔建别失八里，都城在别失八里（今吉木萨尔北破城子），永乐十六年（1418年）迁都亦力把里（今伊宁）。15世纪中叶，吐鲁番部强大，1472年，哈密等卫所一度被吐鲁番攻破，诸卫内迁，后复，1514年再度被并，15世纪后半期后，西北诸卫全部丧失，明朝最后放弃新疆，退守嘉峪关。明朝中叶，东察合台汗国演变为叶尔羌汗国