夏、商、周时属乌孙。
秦朝为大月氏领地。
西汉初年为匈奴牧地。
西汉元狩二年（前121年），骠骑将军霍去病入居延收河西，史籍始见“居延”（匈奴语，同今日蒙古语“乞颜”，意为“隐幽”）。
汉太初三年（前102年），置居延都尉府，后又置“张掖居延属国”。汉献帝建安末，改立西海郡。
唐代设安北都护府和宁寇军。
西夏设黑水镇燕军司，但所在地不详。成吉思汗二十一年（1226年）春，归属蒙古帝国。
元世祖至元二十三年（1286年），设亦集乃路总管府。[3]
北元时期一直为蒙古人游牧地。
清乾隆十八年（1753年），设置额济纳旧土尔扈特特别旗。
民国元年（1912），直属国民政府蒙藏委员会，由宁夏护军兼辖。
民国十七年（1928）11月，隶属宁夏省政府管辖。
1949年9月，额济纳旗和平解放，初由甘肃省酒泉专署代管。
1951年2月，复归宁夏省直辖。
1954年11月，初由张掖专署代管，同年11月30日，改隶酒泉专署。
1956年6月1日，划归内蒙古自治区巴彦淖尔盟。
1969年9月9日，划归甘肃省酒泉地区。
1979年7月1日，归属内蒙古自治区。
1980年5月1日，隶属阿拉善盟。[4]
2行政区划
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2013年，额济纳旗辖3个镇、3个苏木、1个农牧业示范园区、17个嘎查（村）以及5个城镇社区、2个农牧区社区：达来呼布镇、东风镇、哈日布日格德音乌拉镇、赛汉陶来苏木、马鬃山苏木、苏泊淖尔苏木。[5]
3地理环境
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位置境域

额济纳旗地处中国北疆，位于内蒙古自治区最西端。地理坐标东经97°10'~103°7'，北纬39°52'~42°47'。东与阿拉善右旗毗邻，西南与甘肃省酒泉市交界，北与蒙古国接壤，国境线全长507.147公里。相对中心城镇达来呼布镇和东风镇。达来呼布镇距自治区首府呼和浩特市1398公里，距阿拉善盟府所在地巴彦浩特640公里，距甘肃省酒泉市396公里。