香格里拉地处青藏高原东南缘横断山脉三江纵谷区东部，沙鲁里山
脉由四川甘孜入县境，分两支将县境东西两侧包围，金沙江从土照壁进入县境，南流至金江乡撒苏碧与丽江石鼓之间，突转向东北，至洛吉吉函流入四川坪子了境，将县境南部包围。香格里拉成为两头窄，中间宽，“雪山为城，金沙为池”的雄伟太势。县境地形总趋势西北高、东南低，最高点巴拉格宗海拔5545米，最低点洛吉吉函海拔1503米，海拔高差4042米，平均海拔3459米，县境地貌按形态可分为山地、高原、盆地、河谷。[7]
水文
江河
境内河流全属金沙江水系，除金沙江干流外，境内共有大小河流244条，其
中，多年平均流量在3.7~43.7立方米/秒的一级支流有硕多岗、冈曲、东旺河、尼汝河、吉仁河、浪都河、安南河、良美河、汤满河、安乐河、白水河、麦地河等13条，部长545公里，流域面积8065.9平方公里，分别在不同河段注入金沙江。
湖泊
香格里拉有高山湖泊（含冰碛湖）298个，分布蛘海拔3000~4500米地带10亩以上的有东旺乡的错纳，格咱乡的跟尼错、约子错、阿旺才错、当错、达莫错、错纳、错漫、活迪错、盖公错纳、盖公错色、错乌，洛吉乡的色列、丁郎错，建塘镇的吉迪错波、吉测错、纳帕海、属都湖、错洼拉、错九、碧塔海、尼史错纳，小中甸乡的阿布吉错、勺错、三碧海，小中甸乡与金江乡之间的白海、双海、黑海、青海、三坝乡安南错格达、九子海、哈巴黑海、湾海。其中面积最大、景观最美我是纳帕海、碧塔海、属都湖和三碧海四个高原湖泊和湖群。