1925年奉军镇威军张宗昌率队护送苏皖宣抚使卢永祥南下，齐燮元下野，离宁赴沪，虽曾一度由沪出兵抵抗，终仍归失败。8月杨宇霆督江苏，姜登选督安徽，于是长江中下游遂尽入奉军掌握中。齐燮元仓促离宁，陈调元未随去。杨宇霆代齐督苏，陈、杨素极陌生，佛脚亦抱不及。杨宇霆以战胜者之威，对旧日残余分子岂能放在眼里，陈调元遂遭受冷视。他一面听到广东正准备北伐，一面又想到浙孙(传芳)可能出动。于是他对两方面设法联系，期望时机一到，即驱杨解恨。正当此时，杨文恺由汉口赴杭州，到南京时见到陈调元，他说：“杨宇霆气焰熏天，我恐怕不能干了，回家算了。”杨文恺劝他说：“一时不可操之过急，听其自然变化为宜。”他说：“你到杭州，和馨帅(孙传芳)替我设个办法才好。”

当杨文恺见到孙传芳时，才知道孙传芳正要打走第四师陈乐山，做攻取上海的准备。杨文恺当即告诉孙陈调元的处境和所说的话。孙说：“有办法，咱先拿了上海，随即拿南京。”几天后，孙传芳果然派杨文恺到南京与杨宇霆通好，而在暗中与陈调元计议如何打杨宇霆。

杨文恺到南京，适杨宇霆不在家，仅见到省长郑谦，做了一番应酬，就去见陈调元，告以内容，陈调元听罢大喜，并说：“请大哥放心，回去向馨帅说，由徐州到南京这一段由我包打，必定能操胜算。”杨文恺回杭州见孙传芳把情况告知后，孙传芳便决定攻取沪、广，而后统一苏皖，组成苏闽皖浙赣五省联军，以竖起东南一面新旗帜。

那时段祺瑞已出山执政，演唱的是联合奉军、敷衍冯军并联络直军的一出均势新戏。段祺瑞看到孙传芳雄踞浙闽。势力方兴，就派龚维疆(号执初，合肥人，与孙传芳是士官同学)为代表赴杭与孙传芳联系。孙传芳明知段祺瑞执的是无权无力之政，何足介意，就应付地对龚维疆说：“段执政是我的前辈老师，段先生既然不怪我打陈乐山，我当然拥护执政，请转达执政放心。”可是孙传芳为着要扩充势力，夺取财源，必须打倒邢士廉，以占领沪宁，并控制长江五省，断不能碍于段奉联合而不打奉，也不能因龚维疆来游说而停止其预定计划。1925年l0月孙传芳即由杭出兵，很快攻下上海、南京。是时陈调元的军队早在南京城内外及江北浦口、乌衣一带布置妥当，奉军退至南京附近和江北之际，分别被陈调元军缴械。孙于10月20日在杨宇霆走后，进抵南京城，城内治安完全由陈调元负责，孙传芳即渡江沿津浦路北进。陈调元派崔庆钧随孙之总部襄办军机事宜。及孙传芳车开抵蚌埠时，驱奉军事已获全胜。孙传芳在蚌埠召开秘密会议，预商五省军政首脑人选，当时崔庆钧、赵正平、沈同午和杨文恺皆在座。杨文恺与崔庆钧首先提出以陈调元为安徽总司令、孟星奎为参谋长的建议，孙传芳答说：“正合吾意，就请叔和(崔庆钧号)为秘书长。”安徽人选就此决定。