唐朝（620年）分溧水县东部地区异地置溧阳县，即今溧阳市的前身，县治初在今溧阳市旧县村。

明朝弘治年间从溧水县分出置高淳县至今，县治为淳溪镇，属应天府。县因高淳古镇而得名。高淳镇即今淳溪镇。

清，改明应天府为江宁府，高淳属之。

太平天国定都天京期间，高淳县属天京省江宁郡。

清同治三年（1864年），陷天京，高淳复属江宁府。

民国元年（1912年），废府，高淳县隶江苏省。

1914年，于省、县两级间设道，高淳属江苏省金陵道。

1927年，废道，县隶于江苏省。

1934年，江苏省实行行政区督察制，高淳县属溧阳行政督察区。

1935年9月，改属第十行政督察区（驻江宁）。

1937年12月7日，侵华日军陷高淳县城，建立伪政权；民国高淳县政府撤至第五区青桂塘，受江南行署第一区行政督察专员公署管辖。

1949年5月2日，属于苏南行政公署镇江地区专员公署领导。

1953年1月，撤销苏南行政区，成立江苏省，高淳县属江苏省镇江专区；1958年改为常州专区，高淳属之。

1959年，又改为镇江专区，高淳县属镇江专区。

1983年3月1日，实行市管县体制，高淳县由镇江专区划归南京市管辖。

2013年2月21日，国务院批准撤销高淳县，设立南京市高淳区，以原高淳县的行政区域为高淳区行政区域。

2013年3月28日，南京市高淳区正式成立。