南宋末年，丽江木氏先祖将其统治中心从白沙移至狮子山麓，开始营造房屋城池，称“大叶场”。
南未责佑元年（公元1253年），蒙古军南征，木氏先祖阿宗阿良迎降，阿宗阿良归附元世祖忽必烈。实佑二年（公元1254年），在“大叶场”设三赕管民官，其建制隶属于茶罕章管民官。公元1253年，忽必烈(元世祖)南徵大理国时，就曾驻军于此。由此开始，直至清初的近五百年里，丽江地区皆为中央王朝管辖下的纳西族木氏先祖及木氏土司(1382年设立)世袭统治。
元至元十三年（公元1276年），茶罕章管民官改为丽江路军民总管府； 元至元十四年（公元1277年），三跋管民官改为通安州，州治在今大研古城。1277年，改丽江路通安州。
明洪武十五年（公元1382年），通安州知州阿甲阿得归顺明朝，设丽江军民府，阿甲阿得被朱元璋皇帝赐姓木并被封为世袭知府。明洪武十六年（公元1383年），木得在狮子山麓兴建“丽江军民府衙署”；
曾遍游云南的明代地理学家徐霞客(1587--1641)，在《滇游日记》中描述当时丽江城“民房群落，瓦屋栉比”，明末古城居民达千余户，可见城镇营建已颇具规模。
清顺治十七年（公元1660年），设丽江军民府，仍由木氏任世袭知府；清雍正元年（公元1723年），朝廷在丽江实行“改土归流”，改由朝廷委派流官任知府，降木氏为土通判。
雍正二年（公元1724年），第一任丽江流官知府杨铋到任后，在古城东北面的金虹山下新建流官知府衙门、兵营、教授署、训导署等，并环绕这些官府建筑群修筑城墙。
乾隆三十五年（公元1770年），丽江军民府下增设丽江县，县衙门建于古城南门桥旁；民国二年（公元1912年），丽江废府留县，县衙门迁入原丽江府署衙内。
民国三十年（公元1941年），在丽江设云南省第七行政公署及丽江县政府。
1949年，设丽江专员公署及丽江县人民政府；1961年，设丽江纳西族自治县。
1986年12月，丽江古城因为集中体现了纳西文化的精华，并完整保留了宋、元以来形成的历史风貌，被国务院列为中国历史文化名城。
1997年，丽江撤“地区”建地级市，12月4日在意大利那不勒斯召开的联合国教科文组织世界遗产委员会第21次全体会议上根据文化遗产遴选标准C(II)(IV)被列入《世界文化遗产名录》。
2003年，将大研古镇设立为丽江市古城区，束河古镇也包括在其辖区内。
2011年7月6日云南省丽江市丽江古城景区被国家旅游局评定为国家5A级旅游景区。[4]
2012年6月24日至7月6日联合国教科文组织下属的世界遗产委员会在俄罗斯圣彼得堡举行的第36届世界遗产大会上通过了丽江古城微小边界调整和缓冲区的提议，将丽江古城面积3.8平方公里调整到7.279平方公里[