南朝陈光大二年（568年）、隋开皇九年（589年），两度置废莆田县，先后隶属丰州（今福州）南安郡和泉州（今福州）。唐武德五年（622年），析南安县地再置莆田县，属丰州（今泉州）。

唐圣历二年（699年），析莆田县西部置清源县，莆田、清源2县属武荣州（后改泉州）。唐天宝元年（742年），改泉州为清源郡，而清源县改为仙游县，莆田、仙游2县属清源郡。之后清源郡又改为泉州、清源军、平海军，莆田、仙游2县亦属之。

北宋太平兴国四年（979年），宋太宗诏以莆田、仙游、永福（今永泰）、福清四县之部分属地置兴化县（治所在今仙游县游洋镇），并在其地建太平军。太平兴国五年，改太平军为兴化军，划出平海军（今泉州市）的莆田、仙游2县归兴化军管辖，兴化军直属两浙西南路，与建州、福州、泉州、漳州、汀州、南剑州、邵武军合称为“八闽”，辖地基本上与今莆田市相同。太平兴国八年，军治迁至莆田县城。宋雍熙二年（985年），闽地从两浙西南路分出，置福建路，兴化军隶属福建路。

南宋德祐二年（1276年），恭帝在临安（今杭州）降元。同年五月，益王赵昰在福州登位，是为端宗，改元景炎，升福州为福安府，定为行都。景炎二年（1277年），兴化军城失而复得，端宗诏改兴化军为兴安州，故莆田市又有“兴安”之称。