1989年2月，从莆田县划出湄洲乡，成立莆田市湄洲岛旅游经济区，由莆田市直辖。

1992年经国务院批准升格为国家级旅游度假区。同年9月，湄洲乡改为镇建制。

1996年2月，福建省人民政府批准成立莆田市湄洲湾北岸经济开发区管委会，对笏石镇、埭头镇、平海镇、东峤镇、南日镇、东庄镇、忠门镇、灵川镇行使管辖权，管辖的行政区域属莆田县。

1997年10月，忠门镇区划进行调整，增设山亭、东埔、月塘3个乡。

1999年7月，灵川镇区划调整增设东海镇。

2002年02月01日，国务院批准调整莆田市部分行政区划，撤销莆田县，成立荔城区、秀屿区，市辖有城厢区、涵江区、荔城区、秀屿区和仙游县。

（1）撤销莆田县建制，将原莆田县的常太、华亭、灵川、东海4个镇划归莆田市城厢区管辖，原莆田县的江口、梧塘、秋芦、白沙、新县、庄边6个镇和大洋乡划归莆田市涵江区管辖。涵江区面积752平方公里。

（2）调整城厢区行政区域范围，设立荔城区。将原城厢区荔城街道、城厢区城南乡的镇海、阔口、新溪、步云、埭里、古山6个村，城郊乡的长丰、七步、濠浦、南郊、莘郊、荔浦、陡门、张镇、西洙、拱辰、畅林12个村，以及原莆田县的西天尾、新度、黄石、北高4个镇划归荔城区管辖。面积268平方公里。

（3）设立秀屿区。将原莆田县的笏石、东庄、忠门、东埔、湄洲、东峰、埭头、平海、南日9个镇和山亭、月塘2个乡划归秀屿区管辖。面积506平方公里。

2008年4月，经国家发改委、国土资源部、建设部发布第18号公告，核准莆田市湄洲湾北岸经济开发区管委会再次挂牌成立，对忠门镇、东埔镇、山亭乡行使管辖权，管辖的行政区域属秀屿区。

2009年2月，象溪乡更名为菜溪乡。2010年1月，山亭乡改为镇建制。