梵净山佛教，经过元代的延续，到了明朝永乐年间，有了很大的发展。禅寺四布、僧侣云从。至明万历时期，梵净山佛教，掀起了第一次兴盛高潮。万历四十年（1612），临济宗断桥妙伦系碧峰性金下突空智板派（突空智板演派：智慧清净，道德圆明。真如性海，寂照普通）第六世妙玄德颖禅师，奉旨兴复梵净山佛教。
妙玄德颖禅师，俗名李颖，为明神宗国舅，李太后兄弟。因厌荣宠，喜禅法，遂遁迹梵净山麓落发，后世尊为“梵净山中兴第一祖”。妙玄德颖禅师曾与笑岩德宝、憨山德清等诸名宿相过从，尤与憨山德清甚契。憨山德清是李太后所倚重的禅门法将，深得妙玄赏识，且又彼此同辈，同样为突空智板下第六世孙，故相交莫逆。
明万历四十年，妙玄兴建金顶释迦殿、弥勒殿。之后，相继敕建的有承恩寺、坝梅寺、护国寺等，一时梵净山成为人天共仰的弥勒道场，五溪地区的佛教重镇。影响渝东南及湘西地区。尤其与湘西辰州、沅州、靖州佛教互结法缘，譬如“湘西第一山”的靖州洪江嵩云山、沅州府治地的芷江明山、辰州府治地的沅陵龙泉山等，都与梵净山互有禅师来往。《敕赐梵净山重建金顶序》　　《敕赐碑》，全称《敕赐梵净山重建金顶序碑》，位于梵净山老金顶下，碑高2.9米，碑心高1.85米，宽1.51米，碑额竖刻"敕赐”两个大字，左右饰以腾龙拱护纹，上罩彩云。碑文悉为楷书，计1349字，其中序文838字，附文516字。其碑序文，骈丽优美，为梵净山的千古绝唱。碑文全文如下：敕赐《赐梵净山重建金顶序》　　伏以，四海名山，九洲巨镇，十方净土，众姓福田。故东岱、西岱、南衡、北常，悉禹王封禅之所；而玄寺、缁庐、青鸳、白马，皆佛子接引之区。水上闻香，始辟漕溪法界；空中飞赐，因开潜麓化城。山以仙名，地关人杰。　　窃见梵净山壁立黔南之境，轴连楚蜀之间。仙洞灵台，咸棋布而卢列；奇峰古刹，俱凤翥而鸾翔。天心池、金沙池、九龙池、倒泻银河，无异临海之桂鹤；太子石、青阳石、金子石，高标玉笋，不让陈仓之鸣鸡。独红云金顶为最奇，宜白莲社之茂建。雪消六月千溪涨，洪溢江源；日转双峦万壑阴，崇（……）。翻经台下，时看百鸟衔花；选佛场中，更有觞安寄！宁惟游人断白苎之响；抑且景物负赤诚之霞。而请曰肆今宇内提衡方岳者，佥谓两间之巨镇，所以立天地而不毁，冠古今而独隆者，无如四大名山。而不知此黔中间之胜地有古佛道场，名曰梵净山者，则又天下众名岳之宗也！　　旧说者以弥勒、释迦二祖分管世界，用金刀劈破红云金顶，于是一山分为二山。是山也者，上之穹隆接天下，而三十三天不为译音渺；下之厚重住地，而九土九京不为蚴鹨。虬螭结蟠，林木郁苍；剑气横天，仙梯接斗。叠经台，炼丹台，层峦耸翠；献果山，凤凰山，飞彩流丹。四时有不谢之花，缡缡然篷莱三岛；八节有长生之景，炳炳兮阆苑瑶池。霞光万道笼金鼎，普天圣真如云集；紫辉千丈罩玉门，率土明神似雨临。至若九十九溪一溪不知之说，尤见此山之广大；宝藏兴，货财殖，囊括天地之万有以为储。且也，崔崔巍巍以示其险，默令进香鼎礼者履险如夷；岩岩以恶其势，阴使敬重三宝者率蒙善报。所谓大地乾坤，无边法界，极乐天宫乎！　　盖自开辟迄今，海内信奉而奔趋，不啻叵云而若水；王公大人之钦谒，恒见月盛而日新。久已灵驰于两京，倾动于十三布政，劳旌于抚按，烦顾于道府，诸侯莫不期以魂交黄帝而梦接安期。古来得道成真，又莫不于斯凝神，于斯蜕颖，他如仙迹所遗，标题所载，种种灿著以殚述。既自播乱之后，传闻四方，往来朝睹人希，非复旧盛，倘变佛老运数之厄使然！第此山之灵异，千载一日也。窃计世道之兴隆，佛神司命；而山岳之显爽，多自修培。　　幸际仁明在位，泽遍八方，恩施还定，百神是依，千载奇遇。以故天哀名山之颓，而赐以钦命们妙玄重建金顶正殿，足为万圣临銮。蒙钦命抚按、道府各衙门作兴允议，然而山连四府，当与国运俱隆。玉简金书，伫见与人又并烂山灵。　　谨序，赐进士第北京户部郎中李之彦谨题。　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　太后娘娘李 应天府太师常乐　　太监王，国子监林，礼部尚书张，户部郎中李，钦差巡抚贵州重门张、×、巡按监察御史杨，钦差总镇都督×、×，贵州布政司谢，钦差出巡抚苗道×、刘，铜仁府知府陈、陈，推官张，思州府知府赵，石阡府知府鲁，思南府知府舒、张，坐营司周，钦差平头守备刘，印江守备赵，印江知县郑，铜仁知县丘。应天府居士朱，同录陈氏男，孟林江氏。　　乡官：任、周、罗、田、杨。　　朗溪司：任、田，提溪司杨、张，乌罗司杨，平头司田，省溪司杨。　　赐进士乡官：喻、肖、徐，举人：田、鲁、姚、杨、陈，　　生员：周一登，钱正阳，
　　九皇洞、九皇殿、三清殿、圆通殿、弥勒殿、释迦殿、通明殿 法徒：真清、圆容、圆真、圆普，圆洪、圆显、圆贤、圆冰、圆名、圆清、圆圣、圆 、圆庭、圆惠、圆观、圆霞、圆满、圆德、圆坤、圆宗、圆善、如清、如会、真祥、圆登、海源、明通、明然、明登、性海。　　化主：圆通、海聪、圆盟、法空、圆成、明进。　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　大明万历戊午岁仲春吉旦　　诸天烛：一藏　　金刚尊经：一藏　　各方们道、各府官长、各司土官、各洞里老、平民人等：一切诸人，起尽不善，坏吾此山，领受此愿，犯者即还。　　承恩寺：常住田米二担，地田杨用胜己、杨胜杖。　　天庆寺：　　朝天寺：常住田七斗　　天林寺：常住田八斗　　天池寺：　　东南至平、省司；东至乌罗司为界；西至提溪司为界；北至朗溪司为界。　　信善：文理通，刘可富　　头目：杨光国，王界臣、王海云，　　平头把总谭，界牌把总刘，忠进把总王，凯文把总田，滑石把总吴。　　石匠：僧真香、胡贵　　注：《敕赐碑》位于梵净山老金顶滴水岩下，此处海拔2270米。
经过妙玄的苦心经营，得到皇太后及诸王公大臣的鼎力相助，四方禅侣和护法居士的大力护持，梵净山成为周边地区的佛教中心。地方名流、过境仕宦、行脚僧侣，都在梵净山留下许多赞咏的诗文，为梵净山的人文历史，增添血液。
妙玄德颖禅师嗣法弟子有香山圆满、彻空圆通等。其中彻空圆通传德悉明慧、德悉明慧传宝山真贵、宝山真贵传明然如泰。明然如泰曾在破山海明门下受具足戒，亲炙破山禅法有年。又得宝山真贵印可并付源流，故明然如泰身兼破山禅法与妙玄禅统，一时成为禅门宗匠，前来参访者不绝道路。
明然如泰作为梵净山妙玄禅派第五代住持，深得缁素钦仰。在接引众生的方法上，又吸取破山海明的风格作略，一时门庭济济。得明然如泰禅法者，达四十三人，登堂入室者遑论其数。与赤松道领、梅溪福度，互为倚角，成为黔省佛教禅门宗擘，思想领袖。
明然如泰传法见空性晓，见空性晓传法慧惺海阔。当时西南地区战火已熄，梵净山不再是战乱中人们渴求向往的净土。因为海晏河清，四方夷宁，梵净山的重要地位已被黔灵山取代。而黔灵山的开山祖师赤松道领，是破山海明法孙、敏树如相法嗣，与慧惺海阔同辈。但赤松道领是破山禅系的嫡传子孙，当时西南禅宗又是破山禅系的一统天下，作为突空禅派子孙的慧惺海阔，为争取在禅门地位，扩大影响，不得不以破山禅系子孙面目出现，故其塔铭有“传临济正宗破山明祖下第三世”之镌。
鉴于破山海明禅派一统西南三省及周边邻省的局面，梵净山妙玄禅派的慧惺海阔禅师遂更换门庭，直以破山海明三传弟子的身份出现，以求禅门正统地位，亦不得已矣。虽然慧惺海阔禅师改认破山门下，但其传法延脉仍用碧峰下突空派妙玄系字派。慧惺海阔传普观寂照、普汪寂受。普汪寂受传觉洪照济和香山照琛禅师。此即延续了突空智板演派：智慧清净，道德圆明。真如性海，寂照普通。所以，梵净山禅系在可考的史料中，还是以突空派禅系为最古，而且比较完整。脉源宗谱碑　　脉源宗谱碑位于金顶下镇国寺至《敕赐碑》路旁的明然和尚墓塔前。　　墓塔为6面5层石塔。碑高1．7米，宽1．03米，素面楷书925字，其中序文614字。碑上方阴刻“脉源宗谱碑记”6字。　　该碑序文记载了梵净山名的来历系明国舅李妙玄“隐于思铜之深麓，因见其山函与峭拔迥常，审之古籍乃得山名为梵净也。”　　记叙了自妙玄至明然和尚的师承关系，以及明然的生平。并载有梵净山历代住持墓之所在，是研究梵净山佛教史十分珍贵的实物资料。　　该碑竖于清康熙二十八年(1689)。1981年5月，印江县人民政府公布为县级文物保护单位。
此外，从明宣德至隆庆百余年间，可述者尚有月溪、立禅、镜文、广能、雪光、彻空、碎尘、拜经、箬笠、悦禅、一天、云轩、明玉、苗僧等，他们或籍隶黔省，或者在黔开法。虽然不一定是禅宗派系，亦关系到贵州佛教的发展。
除了突空派禅系外，当以破山派禅系在梵净山的影响最大，而且历史最久，跨越了整个清代，直到现在仍然还有其子孙在梵净山周边地区繁衍。
在梵净山周边的铜仁、石阡、思南、黄平、镇远地区，均有许多破山派禅师大树法幢，高扬禅法。譬如破山下灵隐印文禅师法嗣慈济海舟，在镇远云台山弘扬禅法多年。破山下燕居德申法嗣述中合舜，在黄平云居开法。破山下半云如慧法嗣三能性柔，在黄平九龙开法。破山下象牙性珽法孙纯一道源禅师法嗣无涯昌太，在思南海云开法。破山下敏树如相法嗣颖秀真悟禅师，亦曾在思南安化东山弘扬禅法，其法嗣长明性炅在此跟随多年。另外敏树法孙黔灵山赤松道领法嗣云石明源、行周常在，皆在平溪（今玉屏）紫气山弘扬禅法。还有敏树法嗣天隐道崇，弘扬禅法于石阡中华。天隐法嗣大凡昌宗，弘扬禅法于思南太平。天隐法嗣识竺海伦，在石阡中华继席开法。敏树法嗣天湖正印，弘扬禅法于思南中和。
破山下灵隐印文、燕居德申、半云如慧、象牙性珽、敏树如相等禅师，均有法嗣法孙在此弘扬禅法，而以敏树如相禅派弟子为最多。敏树如相法嗣圣符道越及其子孙，则是直接在梵净山弘扬禅法的巨擘。