远古时代,澄海大部分地方还处于大海之中，是一个“海气昏昏水拍天”的海湾，后来才逐渐冲积浮聚成陆。现澄海地域在夏、商、周时属百越之地，秦汉时属南海郡揭阳县地，晋时属东官郡海阳县。隋、唐时属潮州辖下的义安县(海阳县)，宋元丰五年(1082年)澄地分属海阳、揭阳两县。明成化十三年(1477年)后,现澄地分属于潮州府辖下的海阳、揭阳和饶平3县。

明嘉靖四十二年（1563年），划海阳县的上外莆、中外莆、下外莆等三都，揭阳县的蓬州、鮀江、鳄浦等三都，饶平县的苏湾都，共7个都置澄海县。县名取“澄靖海氛”之意，隶属潮州府。治所设于下外莆都之辟望村(今澄海市区)。

清康熙三年（1664年），因施行靖边海禁政策，撤销澄海县建制，全县人民全部内迁。至康熙八年，恢复澄海县建制，仍属潮洲府管辖。

1949年10月24日澄海解放，成立澄海县人民政府。

1959年1月24日，经国务院批准，撤销澄海县建制，县地并入汕头市郊。同年11月3日，经国务院批准，又恢复澄海县建制。

1994年4月18日，经国务院批准，撤销澄海县，设立澄海市（县级），由汕头市代管。

1994年4月18日，民政部批复（民行批[1994]56号）撤销澄海县，设立澄海市。

2002年，澄海市辖3个街道（凤翔街道、澄华街道、广益街道）、12个镇（莲下镇、莲上镇、莲华镇、东里镇、溪南镇、盐鸿镇、湾头镇、坝头镇、新溪镇、外砂镇、上华镇、隆都镇），177个村委会、36个居委会。

2002年，经省人民政府批准，同意撤销澄海市坝头镇和湾头镇建制，将其管辖的行政区域分别并入凤翔街道和莲下镇。新成立的凤翔街道面积41.46平方千米、人口13.03万人，新成立的莲下镇面积56.09平方千米、人口10.675万人。

2003年1月29日，国务院批准（国函[2003]11号）：撤销县级澄海市，设立汕头市澄海区。以原县级澄海市的行政区域（不含外砂镇、新溪镇）为澄海区的行政区域。区人民政府驻文冠路（原澄海市人民政府驻地）。将原澄海市的外砂、新溪2个镇划归龙湖区管辖。

2011年，澄海区辖3个街道、8个镇，共有43个居委会、137个村委会。总户数174483户、总人口751149人：凤翔街道 35032、14813人；澄华街道 13061户、59464人；广益街道 9137户、41801人；东里镇 19677户、77759人；莲上镇 12926户、56950人；莲下镇 25009户、112886人；莲华镇 6434户、27215人；上华镇 7742户、35688人；隆都镇 10488户、46806人；溪南镇 16225户、67927人；区直辖单位 34户、178人。