元世祖至元十三年（1276），设置扬州大都督府。次年，改大都督府为扬州路总管府，领高邮府和真州、滁州、通州、泰州、崇明（今上海市崇明县）5州，并直领江都、泰兴2县。
元惠宗至正十七年（1357），朱元璋军占领扬州，改扬州路为淮南翼元帅府，寻改淮海府，属江南行中书省。二十一年，淮海府改维扬府。二十六年，改称扬州府。扬州府领高邮州、通州、泰州3州及江都、泰兴、仪真、如皋、海门、宝应、兴化、六合、崇明9县。
明太祖洪武元年（1368），罢除江南行中书省，设置京师（后改南京），扬州府属之。二十三年，分六合属应天府，崇明属苏州府，扬州府领3州7县，并直辖江都、仪真、泰兴县，高邮州领宝应、兴化县，泰州领如皋县，通州领海门县。[1]
明弘光元年四月（清顺治二年，1645年（乙酉年）），南明弘光朝兵部尚书史可法督率扬州军民抗御清军围攻的守卫战失败以后，清军对扬州城内的人民展开了惨无人道的大屠杀，当时的幸存者王秀楚所著《扬州十日记》中记载屠杀共持续十日，故史称此事件为“扬州十日”，此劫扬州死难八十万人。同年（1645），清政府设立江南省，扬州府属之。乾隆二十五年（1760），江南省正式分为江苏、安徽二省，扬州府属江苏省。咸丰三年（1853）四月，太平军攻占扬州，曾改扬州府为扬州郡，改甘泉县为甘泉天县，历时8个多月。清末，扬州府领高邮州、泰州和江都、甘泉、天长（滁州）、仪征、兴化、宝应、东台县，俗称“扬八属”。
宣统三年九月十七日（1911年11月7日），扬州光复。二十日，扬州军政分府宣布成立，隶属镇江都督管辖。民国元年（1912）1月，废扬州府，并甘泉入江都县，原扬州府所属各县直隶江苏省。民国3年6月，江苏省分为5道，江都县属淮扬道。
民国38年（1949）1月25日，江都县城（扬州）解放。27日，设立扬州市，隶属苏皖边区第二行政区。同年苏皖边区第二行政区改称苏中行政区扬州行政专区，专员公署驻扬州市。
1950年1月，扬州专区与划出如皋、海安给南通专区，划出东台、台北（今大丰）给盐城专区以后的泰州专区合并，滁州划出六合县给扬州，并划出江浦县给南京。最终扬州专区共辖扬州市、泰州市、兴化县、高邮县、宝应县、靖江县、泰兴县、江都县、泰县、仪征县、六合县2市9县。