1993年7月8号，广州南沙经济技术开发区（国家级）挂牌成立。

2005年4月28日，国务院批准（国函2005}35号）同意设立广州市南沙；将番禺区的南沙街道和万顷沙镇，横沥镇，黄阁镇，灵山镇的庙南村，七一村和庙青村的部分区域，东涌镇的庆生村，沙功堡村，石牌村一部分区域归南沙区管辖。南沙区人们政府黄阁镇凤凰大道一号，从2005年10月12日零时起，番禺人民政府将南沙街，黄阁镇，横沥镇，万顷沙镇，灵山镇的七一村和庙南村等监制移交南沙区人民政府接管。新设立的南沙区辖万顷沙，横沥，黄阁3个镇和南沙街道办事处。总面积544.12平方千米，（不含海域面积），总人口14.14万人，区人民政府在黄阁与南沙街道办事处交界处的角门河西进行规划建设。

2005年11月2日番禺灵山镇庙南村和七一村正式移交南沙横沥镇。直至2005年12月31日，南沙区辖1个街道南沙，3个镇 万顷沙，黄阁，横力）。