连岛地处暖温带的南缘，属向亚热带过渡的季风海洋性气候地带，由于受海洋的调节，气候类型为湿润的季风气候。四季分明，气候宜人。年平均气温为14度，1月份气温最低，均温1.1度；8月份气温最高，均温26.8度，全年有223天以上日均温不低于10度。年平均降水量为882.6毫米，无霜期平均为215天。一年有明显的雨季和旱季。土壤属片麻岩基岩发育形成的山地棕壤。南北过渡的气候条件和地貌类型的多样性，有利于发育一个兼具南北特性的植物种群体系。从分类上看，盛产水稻、小麦、棉花、大豆、花生。还盛产林木、瓜果、桑茶、竹、药材、草场及野生和水生植物。

动物资源主要分水生、陆生和鸟类。水生动物中的海洋水产品占全市水产品总量的72.8%，海州湾渔场为中国8大渔场之一。主要经济鱼类为带鱼、鳓鱼、黄鱼、加吉鱼4大类。前三岛海区为江苏省唯一的海珍品基地，主要有刺参、扇贝、鲍鱼等。近海水域和内陆水域主要生产对虾、海带及淡水鱼类。陆上动物主要为人工饲养的畜禽品种，达12科、18属、90多个品种。全市有各种鸟类225种，列入国家珍稀保护鸟类计31种。