石屋寺前身为三官庙。公元520年，有衲头和尚云游，观此山有“蛇道虎迹，鹤止泉涌”之胜，且有天然之石室两间，方圆丈许。其室内有巨石伸出，状似龙舌，鬼斧神工，遂依山建寺。公元1436年，和宗法师盈重修，后毁弃；公元1562年僧会亮长老重修，并立碑铭记。明朝末叶，有主持僧，为人豪爽，富正义感，因行动时好手执麻鞭，故称麻鞭僧，明亡后，麻鞭僧斋戒沐浴，焚香再拜，向北二呼崇祯我皇，遂自缢寺中。时人嘉其忠义，礼葬于寺侧。1935年周佛海任江苏省教育厅长，为了表扬麻鞭僧的节义，曾题“入世精神”由睢宁县长秦杰人制成匾额，悬于寺内。易君左编《民族英雄故事集》亦将麻鞭僧轶事，选入集内。

石屋寺始建于北魏，石屋山东麓。寺院依山面水，林木葱郁，景象清幽，寺周围有古柏，杂树千余株。其中一株橡树系千年以前所栽，树寄生于巨石，覆若伞状，参天拔地。寺内有藏经楼、观音堂、玉佛殿、安养院、念佛堂等古今建筑，珠光四射，琉璃生辉。每年农历四月初八为朝拜例会，庙会红烛辉煌，寺院香烟缭绕，寺外花畦繁茂，终年游人不绝，实为观礼膜拜休息游玩之胜地。果树野花枝繁叶茂，松柏苍翠。主要景点：龙舌洞、龙凤树、龙爪、情侣树、父子树、兄弟树等10多处，山下万亩果园绿浪滚滚，每年春季都会引来数以万计的游客，潺潺的山泉流水，茂密的森林鸟语花香，令游人留连忘返。
1941年至1945年邳睢铜陵地委在此办公指导抗日战争和解放战争达四年之久。 石屋寺风景区位于邳州市占城镇，这里山水相映、风光旖旎，主要景点由石屋寺、知青旧居、蘑菇峰、黄草山，以及江苏最大的国营果园——占城果园，这里还是全国著名的奇石基地和“特小凤”西瓜产地，江苏省最大的苔干种植基地。

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