黑河湿地国家级自然保护区位于黑河中游，跨甘州、临泽、高台三县区，范围在东经99°19′21″-100°34′48″，北纬38°57′54″-39°52′30″之间，保护区沿黑河中游干流河道分布，东自甘州区三闸镇新建村起，向西经高台县罗城乡盐池滩至黑河正义峡出界处；北自黑河正义峡出界处起，沿黑河干流北岸、山丹河河道至甘州区红沙窝国有林场；南自甘州区三闸镇东泉村起，沿黑河干流南岸，经甘州区沙井镇兴隆村、临泽大沙河至五泉国有林场，沿大沙河河道与黑河干流南岸，至肃南裕固族自治县和高台县交界处。

保护区总面积41164.56公顷，其中核心区13640.01公顷，缓冲区12531.21公顷，实验区14993.34公顷，三个功能区基本各占1/3。保护区属“自然生态系统类”“内陆湿地和水域生态系统类型”。其主要保护对象为我国西北典型内陆河流湿地和水域生态系统及生物多样性；以黑鹳为代表的湿地珍禽及鸟类迁徙重要通道和栖息地；黑河中下游重要的水源涵养地和水生动植物生境；西北荒漠区的绿洲植被及典型的内陆河流自然景观。
　　保护区处在河西走廊中段、青藏高原和蒙新高原的过渡地带，区域狭长，地理位置独特，生物多样性突出，由内陆山地-荒漠-绿洲三个子系统构成复合系统，典型性和代表性明显，在西北荒漠地区非常珍贵和稀有。保护区主体地貌为河谷平原，海拔1200—1500米，呈条带状分布。北部为戈壁平原邻近巴丹吉林沙漠，南部为祁连山荒漠戈壁。

张掖黑河湿地自然保护区始建于1992年，原名“高台县黑河流域自然保护区”，2004年经甘肃省人民政府批准成立“甘肃高台黑河湿地省级自然保护区”，2011年4月经国务院批准晋升为国家级自然保护区，更名为“张掖黑河湿地国家级自然保护区”，其管理机构为“张掖黑河湿地国家级自然保护区管理局”。管理局直属于张掖市人民政府管理，下设高台、甘州、临泽三个分局，其中高台分局下设罗城、合黎、黑泉管护站，临泽分局下设平川、鸭暖管护站，甘州分局下设乌江、城郊管护站和湿地公园管理处，实行局、分局、管护站三级垂直管理，管理局内部机构设办公室、资源保护科、资源开发科、公安派出所、生态临测站、管护总站等。 [4]

保护区的建设符合国家生态文明建设和可持续发展要求，符合甘肃和张掖经济社会发展与生态环境保护中长期规划，先后委托兰州大学编制完成了《甘肃张掖黑河湿地自然保护区综合科学考察报告》，委托南京环境科学研究所编制了《甘肃张掖黑河湿地国家级自然保护区总体规划》《甘肃张掖黑河湿地国家级自然保护区建设项目可行性研究报告》。《总体规划》规划年限20年，规划投资10.2亿元，计划进行黑河湿地保护与恢复、基础设施建设、科研监测、宣传教育、生态旅游等项目建设。《自然保护区建设项目可行性研究报告》计划在2011年至2013年总投资3905.58万元，主要建设管护设施、科研监测设施、宣传教育设施，完成修缮工程，开展综合科学考察，建立地理信息系统和生物多样性数据库。