2006年，藁城市有天主教、基督教、伊斯兰教、佛教、道教五种宗教，有宗教团体2个，即“藁城市天主教爱国会、藁城市天主教教务委员会”和“藁城市佛教协会”。全市共有信教群众3.5万人，占全市人口的4.69%。其中，天主教信教人数1.78万人，分布在全市15个乡镇（区）的115个村。天主教教徒在百人以上的村有31个。全市有正式批准的合法天主教教堂10座。天主教教职人员有神甫7名，修女1名；基督教有长老2人，教徒4700余人，慕道友1180人，依法登记的教堂2座；伊斯兰教信教群众6000人，主要聚居在九门、南乡、东蒲城三个回族村，有清真寺4座，即九门清真南寺、九门清真北寺、东蒲城清真寺、南乡清真寺，有住寺阿訇4名；佛教有僧人5名，正式登记的佛教寺院2处（马邱延庆寺和清流天台寺），约有居士4000人；道教居士约1200人，主要分布在城区内和马庄等村，城内高台庙是正式登记的道教活动场所。