福建医科大学是福建省重点建设高校之一，其前身是创办于1937年的福建省立医学专科学校。1939年改名为福建省立医学院。1949年改称福建医学院。1969年，与福建中医学院、华侨大学医疗系合并，成立福建医科大学。1982年更名为福建医学院。1996年4月更名为福建医科大学。
学校已形成学士—硕士—博士人才培养体系，成为一所集教学、科研、医疗、预防和社会服务为一体的省属医科大学。2003年，被福建省人民政府确定为重点建设高校。同年以良好的成绩通过了教育部本科教学工作水平评估。学校多次被评为福建省党建和思想政治工作先进高校、省文明学校、省“依法治校”示范校、省“校务公开”示范校、省计划生育先进单位、省卫生先进单位、省绿化模范单位和省级花园式单位等。2008年9月，学校被授予“全国教育系统抗震救灾先进集体”荣誉称号。
截至2013年9月底，学校有上街、台江2个校区，占地1300余亩，校舍建筑面积40多万平方米。有各类在校生23500多人，其中全日制的本科生13000多人、博士研究生240多人、硕士研究生2300多人，本科专业面向全国招生，并招收港澳台侨生和外国留学生。

截至2013年9月底，学校有福建医科大学基础医学院、福建医科大学公共卫生学院、福建医科大学医学技术与工程学院、福建医科大学药学院、福建医科大学护理学院、福建医科大学人文学院、福建医科大学外国语学院、福建医科大学协和临床医学院、福建医科大学第一临床医学院、福建医科大学第二临床医学院、福建医科大学口腔医学院、福建医科大学省立临床医学院、福建医科大学福总临床医学院、思想政治理论课教学研究部和体育教学研究部、研究生教育学院、海外教育学院、成人教育学院、继续教育学院、职业技术学院等20个学院（部）。