菏泽牡丹历史悠久。菏泽栽培的牡丹亦称曹州牡丹和曹南牡丹。《曹南牡丹谱》载：“至明，而曹南牡丹甲于海内”。明万历三十年进士谢肇浙在《五杂俎》中写道：“余过濮州曹南一路，百里之中，香气迎鼻，盖家家圃畦中俱植之，若蔬菜然。”光绪十一年本《菏泽县志》称：“牡丹芍药各自百余种，土人植之，动辄数十百亩，利厚于五谷。每当促春花发，出城迤东，连阡接陌，艳勤奋蒸霞。”以上记载，真实生动地描述了古时菏泽“家家植牡丹，户户飘花香，大地铺锦绣，彩霞自天降”的绝佳景象。不仅如此，明时，各具千秋的曹州牡丹名园已星罗棋布。如：“凝香园”、“巢云园”、“郝花园”、“毛花园”、“赵花园”等多处。清蒲松龄在《聊斋志异》中还把曹州牡丹珍品“葛巾紫”、“玉版白”神话为仙女，写了脍炙人口的名篇《葛巾》，据说篇中所述的桑姥，就是指桑篱园中被幻化成人的百年老桑树。

新中国成立后，在党和政府关怀下，菏泽牡丹逐渐恢复并发展到3000多亩，300多个品种。党十一届三中全会以后，富有历史传统的曹州牡丹进入了一个全新的发展阶段。随之菏泽牡丹身价倍增，更加得以蓬勃发展。现种植面积达50000亩、品种近800个，其中，全国花协命名的品种600多个。1982年兴建的曹州牡丹园，也是菏泽牡丹蓬勃发展的一个显著标志。