梅花书院是扬州古老书院之一，在今江苏省扬州市广储门外。明嘉靖中建，初名甘泉书院，又名崇雅书院，清雍正十二年改为梅花书院。
其历史可上溯到明嘉靖时，嘉靖六年（1527年）国子监祭酒湛若水扬州考绩讲学，扬州贡生葛涧为其师在广储门外建“甘泉行窝”作讲道之所。后巡盐御史朱廷立改建为“甘泉山书馆”嘉靖三十七年废圮。万历二十年（1592年），扬州知府吴秀浚城河，积土成岭，上植梅花而成梅花岭。清雍正十二年（1734年），扬州府同知刘重选与大盐商马日绾之子在原址恢复梅花书院，著名桐城派文学家姚鼐应聘到此任掌院，盐运史朱孝纯亦任教于此。嘉庆年见著名皖派学者洪桐也曾经任掌院。乾隆，嘉庆，道光时期的梅花书院与扬州另一大书院安定书院互用学师，使人才得以交流，影响得以扩大。梅花书院的诸生中有不少学有成就者。如扬州学派知名学者刘文湛，凌曙即受业于梅花书院。此外如刘台拱；任大椿，汪中，段玉裁，王念孙，孙星衍等名流，今虽未明其肄业书院是安定还是梅花，但就二书院互聘学师的情况来看，梅花书院对他们的学术成就自然有一定的影响。
同治五年（1866年）盐运史丁日昌在东关街重建书院，由名书画家吴让之书写“梅花书院”雕成石额。同治七年（1868年）该处让位于安定书院，梅花书院迁至左卫街官房，即今址，距今已123年。光绪二十八年（1902年）梅花书院改为尊古学堂，光绪三十四年（1908年）改为两淮师范学堂，民国元年（1912年）改为江苏省立第五师范学校。民国三年五师迁大汪边，原址办小学。解放处废为梅花小学。1972年改为扬州七中，1980年改办扬州职业技术学校。梅花书院的遗迹有楠木厅一座，书楼两座，长廊一条，“梅花书院”石额一块。1990年已将梅花书院的房屋长廊以原貌翻新，并在校门口砌磨砖门楼一座；甚古雅。上嵌同治五年仲者吴让之书“梅花书院”额。
梅花书院的得名确与梅花相关，明万历二十年（1592年），扬州知府开浚城壕，掘出的淤泥在空地上堆成了一座土岭，并在上面植梅数百株，又于岭前建偕乐园，作为在扬州停留的州县官吏休憩之所，并将这些建筑作为诸生讲学之所。巡按御史牛应元来到扬州时，将这里改为崇雅书院。明崇祯年间，魏忠贤大禁书院，崇雅书院被毁。清雍正十二年（1734年），在消寂了很长时间后，全国兴建书院之风又起，扬州府同知刘重选与大盐商马曰琯于崇雅书院旧址——梅花岭建起了梅花书院。
马曰琯热心文化教育事业，独资在崇雅书院旧址兴修屋舍数间。前列三楹为门舍，又三楹为仪门，另有大堂、讲堂，号舍有六十四间，可见规模之大。书院发展至乾隆初年，曾复名甘泉书院，不久又恢复梅花书院之称。乾隆八年（1743年）并入安定书院，梅花书院的房舍复归马家。
乾隆四十二年（1777年），马曰琯的儿子马振伯呈请将梅岭处原梅花书院楼宇归公，运使朱孝纯接受呈请，重新修缮了书院楼宇，亲自书写“梅花书院”匾额镌刻于门楣上，并请著名文学家姚鼐掌院。至此，书院由盐官兴学、盐商助学，名师硕儒频频往来，进入最为辉煌的鼎盛时期。
可惜朱孝纯于乾隆四十五年（1780年）辞官北上归京，姚鼐也辞去梅花书院掌院一职，离扬而去。朱孝纯离开扬州后，盐运使曾燠、盐政额勒布、阿克当阿先后接管梅花书院。阿克当阿对梅花书院极为关心，增加学生学额，招引举人就读，此后来书院就读的外地举人发展至一百余人。嘉庆十四年（1809年），正值礼部试士，阿克当阿给举人们发放路费进京参试，一榜有四人中选，其中洪莹高中状元，梅花书院声名大振。随后，阿克当阿捐廉四千余金，加洪氏所捐两千金，在书院建起文昌楼五楹，作为孝廉课会文之所，同时设状元厅。一时间，梅花书院声名远播，与著名的岳麓书院、嵩阳书院、应天书院、白鹿书院齐名。
历经四百余年沧桑的梅花书院，有过辉煌的盐官兴学、盐商助学的鼎盛时期，有过四名状元及第的辉煌教学成果，也经历了焚书被禁、战火兵荒的萧条破败，唯其不变的，是梅花书院流传下来的“入礼门、树仁心、走义路”九字教育核心。
如今，这里的学校已经迁址别处，梅花书院重新修缮为扬州书院博物馆，书院内的仁字碑、礼字碑均已复原。观照刻在书院进门照壁上的“入礼门、树仁心、走义路”，再看如今名牌大学自主招生越来越重视学生的德育素质，可见，四百年前梅花书院推广的儒家教学的道德范畴，一直有着深远的意义，影响和教育着一代又一代的读书人。