淮安市区闸口南端有一处占地1.6万平方米的梵宇琳宫，名曰“慈云禅寺”。寺院前后五进，依次为山门、金刚殿、大雄宝殿、国师殿、藏经殿、后殿。其格局与普通寺庙大致相似，只是多了一所“国师殿”，这在我国寺庙建筑史上是独无仅有的，里面供奉的是清代著名禅师玉琳通琇的塑像。

       “国师”是我国历代封建帝王对于佛教徒中一些学德兼备的高僧所给予的称号。玉琳通琇是清代汉族佛教中享有国师尊号的唯一僧人，可称得上荣耀至极。但通琇留在京城里的时间并不长，因福临受到了巨大的精神打击，身体每况愈下，后又染上了天花，于顺治十八年正月初四驾崩。通琇奉皇太后命在灵前说法，并到景山为世祖举行安位仪式，随即南还。有人说他不乏有自知之明，于声誉日隆时急流勇退，辞归山林，如野鹤孤云，无所留碍。

      通琇南还后曾住持过西天目山禅源寺、宜兴善权寺，游历过九华山、五台山、峨嵋山等地，所到之处，无不因机设教，谱化群伦。康熙十四年（1675），已近垂暮之年通琇只身云游到淮安府的清江浦，见始建于明朝万历年间的慈云庵规模甚小，香火不旺，便在此挂单。八月十日说偈跌坐而逝﹐以自己的肉身来兴隆此一方道场，世寿六十二岁。康熙皇帝闻知后即颁布诏书，令厚葬通琇，并命扩建慈云庵，增建法王塔。继而雍正帝诏谕淮关监督年希尧按照大丛林样式扩建慈云庵，辟建“国师殿”，改庵名为“慈云禅寺”，并由雍正皇帝钦赐匾额。乾隆帝也曾二度于南巡时到寺内瞻礼﹐赐匾额《慧照常圆》，并留下诗文墨迹。至此，慈云禅寺已名扬天下，成为淮东第一寺。
      慈云寺有过兴盛，也有过劫难。第一次劫难是在咸丰十年﹐捻军攻打淮阴城，慈云寺部份殿堂毁于兵燹。第二次劫难是在民国七年﹐军阀盘踞淮阴，部队强占寺院，致使慈云寺遭受烛火，烧毁了大雄宝殿，寺庙从此日渐颓败。第三次劫难是在文革期间，寺庙被封闭，部分殿堂沦为五金公司的仓库。直到改革开放的春风吹拂到淮安，才收回和修复这些殿宇。1986年2月，慈云寺被省政府列为重点寺庙加以保护。时任方丈的德林法师委托监院觉顺法师重新修整慈云禅寺，经过七年的努力，于94年12月15日正式对外开放。如今的慈云寺琼楼玉宇﹐飞檐流丹，佛像庄严，道场清净。国师殿内新塑的玉琳通琇国师像，国师身披架装，里着海青，左手握着锡杖，右手托着一个饭钵，面部端庄，目如满月，一副超凡脱俗之态，可谓形神兼备，栩栩如生。塑像后墙上悬挂着镇江金山寺高僧茗山法师题写的对联：“玉壁在怀身入洞房心不动；琳琅满目座登皇室帝皈依”。对联的上句见于传说，说的是通琇在洞房度化千金小姐的故事，下句见于史实，说的便是他在皇宫度化顺治帝的事。台湾高僧星云大师曾依据着这传说和史实写成《玉琳国师》一书，并改编成佛教电影和电视剧，风靡海峡两岸，唤起人们对玉琳国师的关注，玉琳国师渐成百姓熟悉的宗教名人。也许是这个原因，经常有台湾、香港、日本、韩国、柬埔寨、新加坡等地的一些僧人和信众来到慈云寺瞻仰国师殿。
      可以说，慈云寺不仅是苏北地区广大信众从事佛事活动的场所，也是淮安市对外开放的重要窗口和著名的旅游中心。为了保护好这一历史文化遗产，进一步完善旅游景观，弘扬正信佛法，更好服务于社会，现任慈云寺方丈果光法师近年又提出了对慈云寺整体规划改建的设想，得到市政府批准，如今，第一期改建工程已经启动。该工程包含三圣殿、观音殿、地藏殿、钟鼓楼、罗汉堂、祖师堂、法王塔、方丈院等建设项目，此工程建成后，将为国师道场慈云寺增辉添彩。

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