慈云寺﹐原名慈云庵，始建于明万历四十三年（公元1615年）。清顺治十五年（1656）﹐清世祖福临召当时的武康名僧玉琳进京﹐对之“慰劳优渥”﹐送居万善殿﹐不时前往“临访道要”﹐“恨相见之晚﹐特赐号大觉禅师。”后又晋封“大觉普济能仁国师”﹐名闻一时。康熙十四年（1675）﹐已近垂暮之年的玉琳国师只身云游﹐挂单于淮安府（今淮阴）慈云寺﹐八月十日说偈跌坐而逝﹐为佛法作了最后一次布施﹐以自己的肉身来兴隆此一方道场。玉琳国师的肉身尚存﹐文革中被好心人掩埋﹐一时没下落﹐现正在寻找﹐相信会有重现的一天。他是历史上作为国师身份的僧人成就肉身的唯一。雍正十三年（1735）﹐清世宗以清江浦慈云庵为大觉圆寂之所﹐诏拨淮关银照大丛林式兴建﹐置香火地﹐命内务大臣﹑淮关监督年希尧督建此寺﹐钦赐《慈云禅寺》匾额﹐改庵为寺﹐至乾隆四年（1739）大功告成。建有钟﹑鼓二楼﹐东﹑西牌楼，上书为朕亲临﹐文官下轿﹐武官下马。殿院前后五进﹐依此为山门殿﹑金刚殿﹑大雄宝殿﹑藏经殿﹑国师殿。大山门上悬挂着雍正皇帝钦赐匾额﹐殿内佛像庄严﹐殿宇华丽壮观﹐寺内花木葱郁。其后﹐又屡蒙皇帝赐紫衣袈裟﹑赐藏经﹑伞盖经﹑玉如意﹑藤杖面等﹐遂名跻江淮﹐成为大丛林。乾隆帝曾二度于南巡时到寺内瞻礼﹐钦赐匾额《慧照常圆》﹐ 并留下诗文《慈云寺瞻礼》﹑《慈云寺瞻礼迭庚子诗韵》。

      咸丰十年，慈云寺部分殿堂毁于兵燹。同治元年（1862），寺住持僧静修矢志兴复，集资重建，经营二十余年，复厥旧观。计占地1.6万平方米左右。是时宫殿盘郁，琼楼玉宇，飞檐流丹，佛塔高耸，精湛工艺，巧夺天工。
民国七年（1918），慈云寺大雄宝殿毁于火。寺庙从此日渐颓败。六十年代，被市五金公司挪用为库房。院内仅存天王殿、藏经殿、国师殿及部分罗汉堂。
1986年，江苏省人民政府批复同意慈云寺修复开放，列为省重点寺庙之一。89年天王殿收回，93年6月藏经殿、国师殿、罗汉堂重归佛门，11月五金仓库从寺内全部搬出。收回的殿堂由于年久失修，已破败不堪。柱歪梁斜，屋面下沉，墙角摊塌，屋顶通风透亮。为此，本寺方丈德林大和尚委托市佛教协会会长、慈云寺监院觉顺法师为主办人，想方设法重修慈云寺。觉顺法师刚来时，慈云寺连一张桌椅板凳都没有，山门外买三辣汤的老婆婆同情老法师，给了他一张三条腿的桌子让他挨着墙用斋。他带领常住僧众多方化缘、筹集资金，开始了艰难的重建工作。为了节约资金，保证质量，觉顺法师不顾自己年事已高，事必躬亲，经常工作到深夜，即使病倒在床也不停工作。经觉顺法师和常住僧众及护法居士们多年来的努力，目前屋面已重修，摊塌的墙面砖已全部更新粉刷，并换上了雕花门窗。还在市政府的支持协助下，解决了山门殿原址上五户居民和慈云街农贸市场搬迁等问题，使山门得以重建。
目前，新建的山门殿上，镶嵌着全国佛教协会会长赵朴初老居士亲笔题写的“慈云禅寺”金字匾额。天王殿、藏经殿（暂代大雄宝殿）、国师殿已修葺一新，还将原库房改建成三圣殿、地藏殿、观音殿及禅房、斋堂、僧人宿舍等，重建的慈云寺于94年12月15日正式对外开放。觉顺法师与寺中诸法师、居士们为了更好的宏扬正信佛法、庄严国土，利乐有情，已收回慈云一条街，计20多亩，正筹划修建，以恢复慈云寺金碧辉煌的原貌。

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