栖山镇历史悠久，自古隶属沛县。春秋战国时期，已形成村落。依据1971-1983年三次在栖山出土的汉墓及随葬品推断，秦汉时代，这里已是人口稠密，农业经济较发达的地区。沛志载沛西南数十里有青龙桂籍山，山下有萧何饮马处，想此处当离栖山不远。清乾隆46年（1781年），黄河在河南省青龙岗决口，洪水淹没了沛城，县令郎赓迁县治于栖山，建砖城、官衙、书院、文庙，成为当时沛县政治、经济、文化的中心。咸丰元年（1851年），闰8月19日，黄河于蟠龙集决口，又淹没了栖山城，县令景步逵将县治迁于夏镇。从乾隆、嘉庆、道光、咸丰四代算起，栖山作县治70年之久。民国2年（1913年），沛县分设2市5乡，栖山市与沛城市并列为同级行政区划单位。市议事会、董事会均设在栖山。

1928年栖山市改为栖山行政局，栖山行政局机关设在栖山。1931-1948年，国民党以栖山一带为第三区，抗日战争前区公所设在栖山。1944-1948年，共产党领导的抗日民主政权把现在栖山镇的西部划归沛铜县沙河区（后称王店区），东部划归沛铜县孟寨区。沛县解放前属共产党创建的冀鲁豫行署湖西专署领导。解放后，栖山划为沛县第四区，区公所设在前马村。因为前马村和栖山 冯其谱在栖山镇高分子化工厂内调研

近在咫尺，区里的重大集会活动都在栖山。1949年3月-9月，沛县归属平原省湖西专署领导。1949年10月-1952年底，沛县划归山东省，1953年1月沛县复归江苏省。现在栖山镇的区划是1962年调划公社时确定的。1958年9月成立人民公社，取消乡的建制后改名栖山人民公社。1983年取消公社体制恢复乡的建制，改称栖山乡。1991年12月23日栖山撤乡建镇，改称栖山镇。栖山镇下辖17个行政村，含60个自然村。1995年总人口为32732人。其中有兄弟少数民族回、布依、壮、苗共10人，其余均为汉族。各村各族人民和睦相处，亲如一家。

栖山人民有着抗击侵略反抗压迫的光荣革命传统。1938年8月，石楼村孔宪杰，（外号孔老六）铁拳砸死日本兵的英雄事迹，名闻遐迩。1938年，在中国共产党的领导下，席楼、夏老庄、张庄、东王楼、陈炮楼等村先后建立地下党组织，成立农救会、妇女会、儿童团、姊妹团，开展抗日、除奸、反霸活动。1943-1948年，孙尊山、张开科、陈广惠、席文章等同志领导发动群众，建立了沛铜县沙河区、孟寨区人民政权，同敌伪顽进行公开的激烈斗争，通过抗日除奸、减租、减息，大长了人民的志气，大灭了敌人的威风。在抗日战争、解放战争中，先后有裴盛德、魏彦西、席后远、程士文、王涵清、席文章等65位同志献出了宝贵的生命。1948年11月，栖山镇（乡）人民刚获得解放，便踊跃投入到支援淮海战役的工作中去。肩担车推，为解放军送军衣、运军粮、抬担架救护伤病员，同时积极参加清匪反霸斗争，维护了社会秩序的稳定。