巴曹镇的崛起发端于渔业经济，渔业产量占苍南县三分之一，温州市九分之一。目前，拥有大小渔船800多艘，其中钢质渔船400多艘，水产养殖面积9000多亩，水产品加工企业（场）15家，已初步形成了“捕养加”，“产供销”一体化的产业新格局。鳗鱼、对虾、梭子蟹、鲳鱼、虾皮、虾仁等名特优水产品闻名国内，远销美国、日本、菲律宾等国。水产品养殖有泥蛤、文蛤、蝤蜢、蛏子等。温州市水产品加工基地正在规划报批中。巴曹镇又是一个农业强镇，是苍南县效益农业发展的典范。全镇共有农田11000亩，市级农业园区3个、山林250公顷，水面190公顷，大小家庭农场52家、共1018亩。由镇农综站创办的苍南县立体型农业试验场，是全县仅有的几家集生产、加工、销售、科研、推广于一体的农业龙头企业之一。改革开放以来，巴曹的工业经济和城镇建设得到了快速发展，水、电、通讯等基础设施不断完善，新区开发已经启动，建成区面积不断扩大，达到1.6平方公里，初步形成了以船舶维护、水产加工、渔需品制造等为一体的渔业配套工业体系。