界山镇鸠林村清莲庵始建于明朝成化年间（1468年），原是莲塘畔一民间佛堂，名良德堂。清同治年间，微妙禅师入住，他矢志苦修，大力弘法，事迹传遍泉郡。据庵中历代相传，弘一法师到泉州设“无遮法会”，事毕在返回途中，特往良德堂拜会微妙，切磋佛理。临行观堂前青青莲塘，浮想连翩，题写一副对联：“清池长印月，莲海蜜罗波”，后代弟子为纪念此事，特将弘一法师赠联刻于寺堂门柱上。
微妙禅师后来往福州怡山西禅寺修持，成为西禅寺的重兴祖师；第四任住持兴辉禅师远渡重洋，往菲律宾、印尼、新加坡、马来西亚等国布法，后定居马来西亚建寺普渡众生；第五、六任住持行亮、肃亮禅师本为夫妻，一夜同梦观音送花，翌日发愿出家同修，投在兴辉禅师门下，后来行亮亦云游东南亚诸国，因其佛理精深，先后被邀往印尼名宗地藏殿及关帝庙“护香”重兴，清莲庵与印尼地藏殿、关帝庙同谱记载，皆源于此。
时至民国，行亮禅师在新加坡双林寺任住持，汇款给在堂主持的肃亮禅师，填塘拓建，精塑佛像，寺院面貌为之一新。由于肃亮禅师只收女僧，又为纪念弘一法师题赠联之缘，便取上下联的首字，改良德堂为清莲庵。拓建后的清莲庵规模达三十多亩，范围比目前还大两倍，行亮禅师兴建的其中两列两层僧舍至今坚固如初，该僧舍条石建筑，为近代闽南沿海一带民居风格。当时修建的一个门匾至今还存在庵中，该匾四边蓝底，浮雕花枝叶，四角浮雕飞蝶，中间楷体浮雕“清莲庵”三个镀金大字。为纪念行亮功德，庵内至今还完好保存行亮遗下的铜佛、铜炉、戒珠、经书、佛衣和刻有行亮书写禅联“清风明月临三界，莲座慈云普十方”的石柱。
今天的清莲庵共占地十二余亩，花卉树木郁郁葱葱，殿宇廊庑耀眼夺目，行亮禅师在印尼的谪传三代弟子、印尼棉兰关帝庙法禅、成雄、睿振等热心高僧慷慨出资，于上世纪八、九十年代兴建大雄宝殿、观音阁、僧舍楼三座大楼。
纵观清莲庵的历史，可谓是近代中国沿海地区和东南亚各国佛教文化交流史的一个缩影。