鸦片战争后，随着“西学东渐”和一系列不平等条约的签订，西方宗教不断加大渗透力度。十九世纪六十年代起，基督教迅速在泉港各地传播开来。
清同治四年（1865年），涂岭驿坂附近的慕柄村何乌黎旅居厦门海沧，受“西国基督教差遣到中国布道会”（简称“西差会”）牧师传道，慕基督教义，即受洗入教，成为最早信奉基督教的泉港人。入教之后，何乌黎回到慕柄村，劝家人信教，并租屋为简易教堂以传教。他走乡串里，向农民、盐工传授基督教义，阐扬“赎罪救灵”之道。不久，便有山腰及惠安东部的涂寨、西部的黄塘等地群众到此受教。因听众日多，何乌黎等在叶厝村设点传教。
坝头古县村李宝三因受村中大姓欺侮，出走至厦门谋生。一天，他偶经“西差会”礼拜堂前，被牧师邀请参加布道会，不久便接受洗礼，皈依基督。因为他早先习过诗文，颇有文化根基，厦门“西差会”便重点培养其为传教士。1869年，李宝三受遣回乡传道。他从厦门带来一批用闽南方言编成的“白话字”基督教课本，把自己的书房改设为礼拜堂，挂起“耶稣教福音堂”招牌。李宝三勤勤恳恳，每一个礼拜天均要召集教徒礼拜，诵读《圣经》、《圣诗》等，从不间断。厦门“西差会”又派外籍牧师山雅各前来泉港协助教务，在山腰等地设堂传教，还从惠安知县处弄来保护教堂的告示。
古县教堂是泉港的第一座基督教堂，也是泉港有基督教会之始。因堂址狭隘，且地处偏僻，不利于教友聚会和扩大传教范围，次年，古县教堂移至交通方便、居民众多的坝头。自此，泉港的基督教发展迅速，教徒日众。截至1949年新中国成立，泉港先后设立的重要教堂有驿坂、古县、坝头、山腰、叶厝、涂岭、梅林、圭璧、后郑、肖厝、沙格、郭厝、前亭等地，并在山腰创办教会学校普化小学（今山腰中心小学前身），以解决教友子女就学问题，也为教会发展培养后备人才。