肖厝码头位于肖厝村东北角，状似一条潜水入海的大海豚，与洋屿隔海相望，与莆田秀屿港也只一衣带水，是惠屿岛居民上岸的必经之站，也是海峡两岸往来的纽带。
码头兴建于1985年，原先是桥式渡头，似长龙卧波直伸向洋屿。后来虽几经修缮，却依然不堪重负。1997年，政府拨款重建始成现今平台式码头，低潮时水深十二米，可泊五千吨级货船。如今码头与泉州沿海大通道相连接，形成纵横交错、疏密有致的陆海交通网络。
其实早在清代，这里就有一座简陋的石砌码头，人们从这里扬帆出海，前往台湾的基隆、台北、台中、高雄一带。惠北人到台湾谋生，台湾同胞回乡探亲，往返不绝；本地的土产运往台湾，台湾的特产运回大陆，商贸往来更是频繁。到了近代，由于战火不断，几度封海，两地往来有过几度短暂的中断。但只要海禁一开，两岸便又恢复往返。直到上世纪五十年代，两岸才彻底断绝往来。
如今，随着两岸政治气氛的缓和，民间往返又逐渐频繁了。首先是海上的渔民接触增多了，早先台湾渔船若在海峡遇到不测，往往只能舍近就远，向台湾本土求救，或是返航回台湾。而现在，台轮一有不测，便就近向大陆方向靠拢，甚至在大陆加水加油。于是，肖厝便成了理想的停靠点。为了便于台轮停泊，1998年，政府批准肖厝码头为台轮停泊点。为了能给台轮提供多方位的服务，码头的西北面设有边防检查站。
海峡两岸血缘相通，语言相同，风俗相近，肖厝码头很快成为台湾渔船的聚散中心。每年约有一千五百轮次的台轮靠泊在肖厝码头，总吨位约有一百五十多万吨。台轮在海上一旦遇险，便能得到大陆方面及时的施救，使远离宝岛的渔民有一种回家的感觉。据统计，至今救助台轮共二十多次，为台胞挽回经济损失三千多万元人民币。
台轮时常停靠，与大陆渔民频繁接触，进一步增进了台湾同胞对祖国的了解，也加深了两岸人民之间的感情。