惠阳位于水路交通要冲，交通便利，历史上以水路航运为主，东江、西枝江、淡水河均可通航。陆路交通靠古驿道贯通全县。清代县境有两条驿道通福建。民国9年（1920）11月开始修筑县境惠州至平山第一条公路，至民国21年（1932），全县建成公路4条，县辖公路总长77.9公里。

建国后，陆路交通发展较快。至1994年，全县有公路19条，总长达1100多公里，同时还发展了铁路、航空和海运，形成了海、路、空立体交通网络。从80年代末起，由于陆路交通运输快捷便利，再加上河运的一些原因，水路运输开始步向萎缩，水运量亦逐年下降。

惠州港为国家一级口岸，对外籍船舶开放；惠澳提路贯穿境内直达惠州港，是京九铁路南端最便利的出海口；深圳、惠州、广惠高速公路穿越境内，惠澳大道、惠淡公路将惠阳区与惠城区连成一片全区公路通车里程646.6公里，公路密度为70.6公里/百平方公里，实现了村村通公路。

2013年12月26日开通的厦深铁路经过惠阳区建有惠州南站，站点将建设在惠阳区淡水新桥。新桥是未来惠阳的中心城区。