三國吳景帝時，因人口日益繁多，析建安縣校鄉設邵武縣，綏安（今泰寧、建寧縣），將樂縣等等。
三國吳景帝永安三年（260）撤銷孫亮侯官封地，並於建安縣新設設建安郡，改南部都尉為建安郡太守，下轄建安（今建甌）、建平（今建陽）、吳興（今浦城）、東平、將樂、邵武、綏安（今泰寧、建寧）、南平、侯官（今福州）、東安（今同安、南安）十縣，基本囊括福建全境。併成為孫吳最大造船基地之一。
晉武帝太康三年（282）析建安郡侯官、東安二縣設晉安郡，治侯官縣（今福州），於晉安郡新設八縣。
南朝陳文帝永定元年（557）合建安、晉安兩郡為閩州，治侯官縣。
（南朝陳光大年間析晉安郡地設南安郡，治今南安縣豐州鎮）

陳文帝天嘉三年（562）晉安郡陳寶應擁兵自立，攻建安郡城，建安郡太守蕭乾拼死抵抗，不為所制。陳文帝天嘉八年（567）陳軍入閩援建安，剿陳寶應，復建安郡，攻晉安郡，全復閩地。因升建安郡守五兵尚書，遷閩州州治於建安縣。
隋文帝開皇九年（589）隋軍南征攻陳，於建安郡遭重創，日久城破，屠建安縣城，文帝下詔廢建安郡，（並廢南安郡），拆各縣於鄰近州郡，並將閩州州治由建安縣（今建甌）遷於侯官縣（今福州），改名泉州。
大業二年改泉州為閩州。

大業三年（607）廢閩州，復建安郡，改侯官為閩縣，建安郡治閩縣（今福州），而原建安郡城（今建甌）廢為屬縣。