明清之际，东昌府文运大开，儒学星列，书院林立，私塾遍布，一时“科目鼎盛，贤士辈出”鸿儒相卿连翩鹊起，骚客文人脱颖而出。时有书院、私塾和学馆三种办学方式。 明永乐年间，京杭大运河全线畅通，成为中国南北交通的大动脉。大运河流经的聊城被誉为“漕挽之咽喉，天都之肘腋”、“江北一都会”，并与几个大的文化中心连接起来。南方的吴越文化和荆楚文化、北方的燕赵文化、西方的秦晋文化传入运河区域，与齐鲁文化、中原文化以及黄河文化在这里交汇融合，积淀下了兼具开放性和包容性、内容繁富丰厚的鲁西文化，聊城也因此成为人才荟萃之地，文风昌盛之区。

清末刘鹗在《老残游记》中称，这里是“家家富足，户户弦书”。明清之际，聊城文运大开，儒学星列，书院林立，私塾遍布，一时“科目鼎盛，贤士辈出”，

聊城在明清时期的朝书院有：

聊城的书院

聊城东林书院　明代由参政耿明创建，位置在古楼西县治以东。

聊城龙湾书院　清康熙年间太常寺少卿任克海创建，位置在龙湾。

聊城光岳书院　清雍正四年由知县张维坦创建，位置在南门里。

聊城阳平书院　阳平书院，康熙五十八年杨文干建。

聊城启文书院　启文书院位于山东聊城。清乾隆三十九年(1774)知府胡德林建。五十七年重修。内有照厅3间、间房2间、讲堂3间、东西庑各3间、正房5间，新建西厢3间、文昌阁5间、东西对楼各3间，后有平房5间，西院有南北斋各3间，旁列回廊，后院有书室6间。光绪十年(1884)再修。二十九年改为东昌府官立中学堂。原址现为聊城市实验小学的一部分。

聊城摄西书院　清光绪二十二年由知县凌芬创建，位置城东北，光绪二十九年改为小学堂。

堂邑县书院

堂邑元庵书院　明正德年间创建。

堂邑雀城书院　清嘉庆二十五年由知县张梓家创建。

临清的书院

临清清源书院　临清清源书院旧址大致在临清市民族实验中学一带，明清时期这里是临清的一个粮仓，名叫广济仓，管粮仓的官员都是科举出身，他们经常在一起切磋琴棋书画。康熙十九年临清钞关来了一个御史叫李基和，不但管钞关而且管仓部，就是粮仓。他在临清兴办教育。并在粮仓内广栽树木，开复合渠引运河水种植荷花，故有“书院荷香”之美称。“书院荷香”是当时临清十景之一。

公元1755年（乾隆二十年），冠名为临清清源书院，自1776年起，书院建考棚，设试院，成为华北地区著名的学术中心（考棚街⑸由此得名）。道光年间的回族学界名人，辛丑科进士、台湾道尹洪毓琛、咸丰丙辰科会员史科给事中马元瑞就从这里脱颖而出，升阶入仕的。1776年在书院内西侧建考棚设试院。(临清考棚街由此得名)。

阳谷的书院

冉子书院　冉子书院故址，据康熙县志载本在县城东北五十里之荆门，明嘉靖间知县李希欧改迁至县治之西北，在今阳谷一中。

谷山书院　清同治年间，阳谷人张某捐私宅一处，建“谷山书院”，在阳谷城内。

谷城书院　道光二十六年汪南金建

张秋安平书院（张秋明代属东阿县）张秋，明代又称安平镇。安平书院在张秋盐店街，由知县白栋建。

阿城镇柯亭书院

七级镇冉子书院

寿张县的书院

寿良书院　寿良书院在寿张南街，明代建。

寿张凤城书院

东阿的书院

东阿吾山书院　明清之时，鱼山上建有“吾山书院”。《吾山书院记》中写道：“沿山路攀登，至‘秀野堂’，堂前洗砚池，金鳞游泳，有吐墨状……北望郁然有灵秀之气，乃‘羊茂台’。子建祠与墓傍山向西，由台向东，拾级而上，至绝顶，上有柳舒城，是曹植读书处。”

野齐书院，旧县尚德乡李谦故居。

少岱书院，康熙二十五年知县张楷建。

博平的书院

博陵书院　在博平县城内。

仰山书院，建于乾隆二十年，址为今博平西街小学旧址。

茌平的书院

茌山书院　在茌平南街，始建年代不详，道光十四年加修。仰山书院和茌山书院内设考棚，以备科举取士。

冠县的书院

崇文书院　崇文书院在县城之南的崇文乡（今梁堂一带），因冉子曾寓于此，后人建书院祀之。

聚奎书院　聚奎书院在县城东南收骏台下。

乐育书院　原来，山东冠县在直隶威县境内有一块飞地，被称为冠县十八村。名曰十八村，实际是二十四个村。据文献记载，该地旧有十八个村，后增六个村。梨园屯即位于十八村的中央，设有大集，建有乐育书院，咸丰二年建。

清泉书院　清泉书院在产贤街，清道光九年由按察使李文耕、知县梁水康建。

高唐州的书院

静轩书院　静轩书院在城西南部，元代至元年间建。

鸣山书院　鸣山书院在大觉寺旁，清乾隆三十六年由知州汤登泗建。

玉山书院　不详

清平县的书院

清阳书院　清乾隆四十二年由知县张玉树建，光绪二十九年改为小学堂。

先觉书院 不详

莘县的书院

先觉书院　莘县先觉书院在仁圣庙西，清康熙五十五年由知县刘萧建；同治八年移至鼓楼南街，由知县陈代卿建。

观城县的书院

松磬书院　松磬书院在观城县学，明嘉靖三十六年由知县马允升建。

朝城县的书院

雪林书院　雪林书院在县治北，

南泉书院　南泉书院在武阳门外，明御史王应初建。

馆陶县的书院

陶山书院　陶山书院在馆陶县城隍庙东路北，始建于明代正统七年（公元1442年），嘉靖后多次修葺。清代知县张恪，河北南皮县萧桥村人，字佩庚，嘉庆十三年(1808)举人，在任再立“陶山书院”，筑瓦房五十间，建藏书楼，藏书三万余卷。招诸生，亲为讲授。清康熙四十四年重建后，改为训导署。