宋朝改唐代的道、州、县制为路、州、县制。北宋太平兴国三年（978年），福州彰武军复称福州威武军，属两浙西南路。雍熙二年（985年）置福建路，领12县，平潭属福清县。南宋景炎元年（1276年）升福州为福安府，定为行都，平潭属福安府福清县。

元朝，中央设中书省，地方设行中书省，领路、州、县。至元十五年（1278年）改福安府为福州路，属福建行中书省。元贞二年（1296年）升福清县为福清州，平潭属福建行中书省福州路福清州。

明初承袭元制，改路为府。洪武元年（1368年）福州路改福州府。洪武二年（1369年），福清州复为福清县，平潭属福清县。

清承明制，雍正八年（1730年），福清县丞移设于平潭。以海坛岛及周围屿头岛、小练岛、大练岛、小庠岛、东庠岛、牛山岛、吉钓岛、草屿、塘屿析归平潭县丞管辖。嘉庆三年（1798年）二月二十七日，析原平潭县丞管辖区域海坛岛及周围9岛置平潭海防厅，直属福州府。